Po zakończeniu remontu elewacji kościoła okazało się, że zawilgocone są mury kruchty. Widać to gołym okiem. Przeprowadzona została ekspertyza mykologiczna, która wykazała również zasolenie tynków. - Niezbędny jest remont, z odkuciem zawilgoconych tynków włącznie - mówi ks. Bogdan Bartołd, rektor kościoła akademickiego św. Anny w Warszawie. Po remoncie mury trzeba będzie osuszyć. - Wszystko po to, by ocalić znajdujące się w kruchcie zabytki. To jest małe muzeum - podkreśla Ksiądz Rektor.
Najstarsza jest płaskorzeźba św. Anny, umieszczona nad portalem. Jest to najprawdopodobniej wizerunek księżnej mazowieckiej Anny Odrowążówny, wykonany jeszcze w XVI w. Bardzo stare są też dwa drewniane krucyfiksy, pochodzą z XVII w. One będą odrestaurowane w pierwszej kolejności.
Pozostałe zabytki w kruchcie w większości datuje się na wiek XVII. Należą do nich: granitowa chrzcielnica, ustawiona na odwróconej głowicy kolumny, a także tablice epitafijne, wśród nich tablica z czarnego marmuru, pochodząca z roku 1697, z wyrytym napisem: "Klęknij tu proszę, a pomyśl o skrusze / Przed tym obrazem proś Boga o Dusze / Które w mękach czisczowych do tich czas zostaią / Niech za Twoią modlitwą ochłodi doznaią". Jest też późniejsza, metalowa płyta, z XIX w., która upamiętnia Józefa Czarneckiego, fabrykanta wyrobów metalowych. We wrześniu 1882 r. ufundowała ją "pozostała wdowa", która "prosi o westchnienie".
Na XIX stulecie datuje się też inny zabytek: drewnianą, polichromowaną rzeźbę św. Anny z Maryją i Jezusem. Pochodzi ona z 1888 r.
W kruchcie, tuż przy wejściu, znajduje się też portal: jest to dawny barokowy portal świątyni. Pod posadzką kruchty zaś jest sarkofag ze szczątkami Wielopolskiego, zmarłego w 1668 r.
Remont możliwy jest dzięki sponsorom, jakich udaje się pozyskać rektorowi kościoła. Konserwację zewnętrzną portyku i elewację kruchty natomiast finansuje dzielnica Śródmieście, a remont kolumny Maryjnej między dziedzińcem a kościołem - Zarząd Miasta Stołecznego Warszawy. Jeżeli funduszy wystarczy, prace mogą być zakończone nawet w pierwszych miesiącach nowego roku.
W konserwacji - dzięki Fundacji Warta - cały czas jest również XVI-wieczna Madonna, którą Ksiądz Rektor odnalazł niedawno w świątyni.