Prałat Borgonovo urodził się 12 lutego 1960 roku w Monzy koło Mediolanu. Święcenia kapłańskie przyjął 7 września 1991 roku jako duchowny diecezji Lugano w Szwajcarii. Studiował filozofię na Uniwersytecie Najświętszego Serca w Mediolanie, a następnie zdobył doktorat z teologii na Uniwersytecie Fryburskim. Był wykładowcą na uniwersytecie w Lugano i rektorem Międzynarodowego Seminarium Filozoficzno-Teologicznego im. Jana Pawła II w Rzymie. Obecnie wykłada na Papieskim Uniwersytecie Świętego Krzyża i Uniwersytecie Najświętszego Serca w Mediolanie. W 2010 roku rozpoczął pracę w Kongregacji (obecnie Dykasterii ds.) Nauki Wiary.

W Polsce znany jest jako współautor (z Arturo Cattaneo) książki: „Jan Paweł II teolog. Komentarze do encyklik”, wydanej w 2009 roku.