Głównym punktem uroczystości była Msza św. w archikatedrze św. Jana, w której znajdują się relikwie nowego Błogosławionego. Przewodniczył jej Prymas Polski kard. Józef Glemp, a współcelebrowało 12 biskupów oraz przedstawiciele duchowieństwa zakonnego i diecezjalnego. Wśród koncelebransów był bp Jerzy Mazur, ordynariusz diecezji św. Józefa w Irkucku, któremu od kilku miesięcy władze rosyjskie odmawiają prawa powrotu do powierzonego mu Kościoła lokalnego. Witając go Prymas Polski zauważył: - Dawniej biskupów zsyłano na Sybir, a dziś biskup-sybirak jest skazany na Europę. To jest ta wielka różnica.
O bł. Zygmuncie kard. Glemp mówił w homilii: - On ukochał Chrystusa, z Nim się zaprzyjaźnił, był wierny przykazaniom Bożym i szedł wszędzie, gdzie był posłany. Prymas Polski podkreślił, że choć nowy błogosławiony w głoszeniu Ewangelii natrafiał na liczne udręki, nie zniechęcał się, ale w każdym dniu podejmował wolę Bożą. W jego życiu były liczne przejawy czuwania Opatrzności Bożej oraz działania Miłosierdzia Bożego. Przez wiele lat na wygnaniu był symbolem ładu, pokoju i nadziei.
Biskupi i siostry pomodlili się też przed sarkofagiem bł. Zygmunta, który znajduje się w podziemiach archikatedry. Przed Mszą św., jak zwykle w rocznicę sowieckiej agresji na Polskę, przed Pomnikiem Poległym i Pomordowanym na Wschodzie odbyła się uroczystość religijno-patriotyczna. Zebranych powitał prof. Wiesław Jan Wysocki, prezes Zarządu Fundacji Poległym i Pomordowanym na Wschodzie, który podkreślił, że postać nowego Błogosławionego i jego liturgiczne wspomnienie obchodzone właśnie 17 września, nadaje Dniowi Sybiraka szczególny wymiar.
- Nie możemy zapomnieć o Katyniu, Miednoje i Charkowie, gdzie na polecenie rządu i Biura Politycznego KPZR zamordowano ponad 21 tys. obywateli polskich, wśród których byli generałowie, oficerowie, podoficerowie, księża, inteligencja polska. Nie zapomnimy też lat 1944-56: aresztowań żołnierzy AK i ruchu oporu, zaocznych wyroków, łagrów Kołymy, Workuty, Czelabińska, Archangielska, masowych zesłań z kresów wschodnich. Nie zapomnimy naszych bohaterów narodowych zamordowanych w Polsce przez siepaczy z UB, nad którymi nadzór miała PZPR. Pamięć o nich jest naszym obowiązkiem. Jednocześnie obowiązkiem naszym jest budowanie silnej, niepodległej Ojczyzny w pojednaniu i w przyjaźni z innymi krajami, które były uciśnione przez system totalitarny - mówił w imieniu Zarządu Głównego Związku Sybiraków Ryszard Styczyński.
Na zakończenie uroczystości Prymas Polski oraz duchowni protestanccy i prawosławni odmówili modlitwę za wszystkich pomordowanych na Wschodzie. Odbył się apel poległych. Przed pomnikiem złożono kwiaty.