Nazywana superrządem, strażniczką Traktatów, posiadająca inicjatywę ustawodawczą i dzieląca unijny budżet – Komisja Europejska – uważana jest za najważniejszy organ Unii Europejskiej. Na jej czele od dwóch kadencji, czyli już 10 lat, stoi Portugalczyk José Manuel Barroso, któremu podlega 28 komisarzy z poszczególnych krajów członkowskich Unii. Każdemu krajowi przypada jeden komisarz, który w założeniu ma dbać o dobro całej Unii Europejskiej, jednak w rzeczywistości troszczy się także o maksymalizowanie korzyści własnego kraju. W zależności od spozycjonowania kraju w europejskiej mozaice danemu komisarzowi przydzielany jest odpowiedni resort w Komisji. Praktyka ta może przybrać formę dopingu lub nawet szantażu. Z tym drugim zderzyła się Irlandia, gdy jej obywatele odrzucili w demokratycznym referendum Traktat Lizboński i przymuszono ich do powtórnego głosowania, grożąc, że w przypadku kolejnej odmowy Irlandia zostanie pozbawiona własnego komisarza. Przez wiele lat kierujący Komisją Europejską pilnie strzegli jej tajemnic oraz sposobu podejmowania decyzji. Jak publicznie stwierdził kilka lat temu weteran Europarlamentu duński europoseł Jens-Peter Bonde, na początku jego europejskiej kariery, nawet numer telefonu do Sekretariatu Komisji Europejskiej był tajny. Przez kilkadziesiąt lat walczył on o transparentność podejmowanych w Unii decyzji.