14 lutego 2004 r. w Watykanie miała miejsce dziękczynna pielgrzymka narodowa Słowaków.
Wzięli w niej udział biskupi z całej Słowacji, nuncjusz apostolski abp Henryk Józef Nowacki, przedstawiciele Ekumenicznej Rady Kościołów Republiki Słowacji, prezydent państwa Rudolf Szuster wraz z małżonką, członkowie Parlamentu i ok. 3 tys. wiernych.
Pielgrzymi uczestniczyli najpierw we Mszy św. w Bazylice św. Piotra - Eucharystii przewodniczył kard. Jozef Tomko, a następnie w Auli Pawła VI spotkali się z Janem Pawłem II.
Podczas audiencji przemówienie wygłosił Rudolf Szuster. Prezydent przedstawił Słowację jako „małe laboratorium ekumenicznego dialogu”. Swoje wystąpienie zakończył słowami skierowanymi do Ojca Świętego: „Dobrze, że jesteś. Świat Cię potrzebuje”.
Następnie przemawiał przewodniczący Konferencji Biskupów Słowacji - bp František Tondra. Przypomniał cele narodowej pielgrzymki: upamiętnienie narodzin dla nieba św. Konstantyna-Cyryla, który wraz z bratem Metodym przyniósł światło wiary na ziemie dzisiejszej Słowacji, oraz wyrażenie wdzięczności Janowi Pawłowi II za pielgrzymkę na Słowację we wrześniu 2003 r. Bp Tondra powiedział m.in.: „Przyszliśmy Wam podziękować, Ojcze Święty, za Waszą trzecią wizytę na Słowacji. Tak bardzo potrzebowaliśmy Waszej obecności. Słowacja stoi w bramie Unii Europejskiej. Już tylko mały krok, który zrobimy 1 maja 2004 r. Trzęsienie ziemi poglądów i moralnych zachowań bardzo się uspokoiło dzięki Waszej wizycie. W Waszym nauczaniu słyszeliśmy Chrystusa, którego słowa są «Duch i życie» (por. J 6, 63). W Waszej osobie był obecny Chrystus cierpiący, który ofiarą krzyża poprzez Kościół wylewa swoją łaskę i daje duchowy żywot światu. Za wszystko Wam dziękujemy. Modlimy się za Was, a z pewnością wiecie, że cała Słowacja śpiewa: Ziv, Boże, Otca Sveteho! (Niech żyje Ojciec Święty!)”.
Na zakończenie swojego wystąpienia bp F. Tondra, jako przewodniczący Konferencji Episkopatu Słowacji, w imieniu wszystkich biskupów podziękował Ojcu Świętemu za szczególne ubogacenie Kościoła na Słowacji darami przekazanymi Księżom Pallotynom do nowego kościoła Bożego Miłosierdzia w Spiskiej Nowej Wsi. Jako wyraz wdzięczności bp Tondra przekazał Ojcu Świętemu wykonaną przez artystę malarza Pawła Ruskę mozaikę przedstawiającą wspomniany kościół. (Wystawa papieskich darów w sanktuarium Miłosierdzia Bożego w Spiskiej Nowej Wsi była uroczyście otwarta 6 stycznia 2004 r. przez nuncjusza apostolskiego abp H. J. Nowackiego i bp. F. Tondrę w obecności prowincjała Księży Pallotynów - ks. Czesława Parzyszka, sekretarza ds. misji Prowincji Chrystusa Króla - ks. Stanisława Kuracińskiego SAC, przedstawiciela Prezydenta Słowacji Mariana Serwatki oraz władz miejscowych. Wystawa jest udostępniona dla zwiedzających).
Ojciec Święty podziękował pielgrzymom za obecność. Przypomniał o swoich trzech podróżach na Słowację, o wielkiej łączności tego kraju z Europą przez Apostołów Słowian - św. Cyryla i Metodego i wezwał do „obrony wiary, ożywianej przez modlitwę, odpowiednią katechezę i nieprzerwaną formację”. Jan Paweł II powiedział: „Słowacja i Europa trzeciego tysiąclecia licznymi sposobami nawzajem się ubogacą, ale byłoby źle, gdyby zapomniano, że w formowaniu się kontynentu bardzo istotnie uczestniczyło chrześcijaństwo. Pomóżcie, Drodzy Słowacy, w budowaniu jedności europejskiej, stając się świadkami tych ludzkich i duchowych wartości, które dawały sens Waszej historii. Jest konieczne, aby te ideały przez Was realizowane stale formowały Europę wolną i solidarną, zdolną do wzajemnego akceptowania jej różnorodnych kulturalnych i religijnych tradycji”.
Na zakończenie audiencji Papież udzielił pielgrzymom, ich bliskim i całemu słowackiemu narodowi szczególnego apostolskiego błogosławieństwa.