W dawnych czasach "biali zakonnicy" - paulini na dźwięk klasztornego dzwonu, wzywającego do modlitwy, udawali się do klasztornego chóru - kaplicy. Ponieważ Bazylika była kościołem służącym pielgrzymom, chór zakonny, w którym śpiewano oficjum, znajdował się na piętrze pomiędzy Kaplicą Matki Bożej a prezbiterium Bazyliki. Zakonnicy, wychodząc z korytarzy klasztoru, przechodzili przez dużą reprezentacyjną salę, nazywaną dziś Salą Rycerską, wchodzili na piętro przybudówki, a następnie na chór do dzisiejszej Kaplicy Adoracji Najświętszego Sakramentu. Na chórze zakonnym znajdowały się drewniane stalle, czyli ławy zakonne. W nich zasiadali mnisi. Stalle umieszczone były przy czterech ścianach chóru tak, że zakonnicy, odmawiając modlitwy, byli zwróceni ku sobie. Takie zwrócenie ku sobie i patrzenie na siebie było bardzo wymowne. Oto wszyscy gromadzili się w imię Jezusa Chrystusa, w myśl Jego słów: "Gdzie dwaj albo trzej gromadzą się w Imię moje, tam jestem pośród nich". A jaki Jezus był pośrodku nich? JEZUS CHRYSTUS ZMARTWYCHWSTAŁY i mówiący słowa: "POKÓJ WAM!"
Dziś nie ma już tego chóru zakonnego. Na początku XX wieku wybudowano nową kaplicę zakonną w innym miejscu. Przylega ona do wschodniej ściany Kaplicy Cudownego Obrazu Matki Bożej. Dawny chór zakonny został przekształcony początkowo w Kaplicę św. Józefa. W latach 50. XX wieku rozebrano zabytkowe stalle i wykonano kilkanaście ołtarzy. Służyły one do odprawiania Mszy św. przez przybywających na Jasną Górę licznych kapłanów - pielgrzymów. Nie można było wtedy odprawiać Mszy św. koncelebrowanych.
W 1998 r. dawny chór zakonny przekształcony został w Kaplicę Adoracji Najświętszego Sakramentu. Wykonano marmurowy ołtarz wystawienia, w centrum zaś umieszczono obraz Jezusa Miłosiernego namalowany przez Krystynę Kwiatkowską. Kaplica służy pielgrzymom, którzy adorują Jezusa w Najświętszym Sakramencie. Adoracja trwa w godzinach 6.00-21.00. Pomimo bliskości Kaplicy Matki Bożej i prawie nieustannie odbywającej się tam liturgii, śpiewu pielgrzymów, akompaniamentu organów, w Kaplicy Adoracji panuje klimat ciszy i skupienia.
Pierwsza niedziela po Wielkanocy jest Niedzielą Miłosierdzia Bożego. Kaplica Adoracji jest na Jasnej Górze takim sanktuarium Miłosierdzia Bożego. Warto tutaj wspomnieć fragment Ewangelii z tej niedzieli o uczniach Jezusa ukrytych przed Żydami. I o tym, jak Jezus Zmartwychwstały stanął pośrodku nich. Oto Jezus wypowiada słowa: "POKÓJ WAM". Pokazuje im ręce i bok. Jakaż radość ogarnęła uczniów. Jezus wypowiada znowu słowa orędzia pokoju: "POKÓJ WAM! JAK OJCIEC MNIE POSŁAŁ, TAK I JA WAS POSYŁAM. WEŹMIJCIE DUCHA ŚWIĘTEGO! KTÓRYM ODPUŚCICIE GRZECHY, SĄ IM ODPUSZCZONE, A KTÓRYM ZATRZYMACIE, SĄ IM ZATRZYMANE" (J 20, 19-31). Ewangelia mówi też o niewierze Tomasza Apostoła. Jezusowi bardzo zależy na naszej miłości i jedności. Jezus Zmartwychwstały specjalnie dla Tomasza powtórzył przyjście w zwycięskim, zmartwychwstałym pokoju, ponieważ Tomasz "nie był razem z nimi". To jest jeden z darów zmartwychwstania, że ludzie chcą być razem ze sobą, że znika niepokój przed drugim człowiekiem, a pojawia się pokój i radość z bycia razem. Tam, gdzie Jezus wchodzi z pokojem, tam również jest życie wspólnoty, powrót zagubionych, nawrócenie niedowierzających, przyjęcie uczuciowych emigrantów, umiłowanie odrzuconych, przebaczenie niewiernym. Tylko pokój Jezusa pozwala być razem. To chyba nie przypadek, że Tomasz wraca do wspólnoty zaraz po słowach: "Którym odpuścicie grzechy, są im odpuszczone". Bycie razem jest niemożliwe, gdy nie ma wyznania i odpuszczenia grzechów. Dlatego w Kościele tak ogromną rolę odgrywa sakrament pojednania - sakrament Bożego Miłosierdzia. Jest on czynnikiem wspólnototwórczym. Każdy grzech jest dotykaniem ran powstałych z niewiary, każdy grzech rani ciało Chrystusa, przebija Jego bok, rani ręce - uniemożliwia działanie i przebija serce - paraliżuje miłość wspólnoty Kościoła. W momencie pojawienia się Tomasza, jakby w momencie powrotu człowieka na łono Kościoła, odnajduje on wiarę, widzi Jezusa, ma udział w pokoju. Jego dusza wraca do siebie, nie musi już się o nic niepokoić. Czy potrzeba jeszcze czegoś więcej ponad odzyskany pokój? Tomasz poza wspólnotą był pogrążony w niewierze i niepokoju, w izolacji i samotności - w zagubieniu. Trudno jest wierzyć, kiedy jest się poza Kościołem. Oto odpowiedź dla wszystkich, którzy mówią, że wierzą, ale nie praktykują, wierzą, ale nie praktykują miłości we wspólnocie z Jezusem. Tylko będąc pośród innych uczniów, Tomasz mógł dotknąć Serca Jezusa.