Z inicjatywą wybudowania kościoła wystąpili mieszkańcy ul. Rodzinnej, przy której powstało nowe osiedle. Taką potrzebę zauważył także jezuita ks. Bronisław Jeleń, proboszcz parafii pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Kłodzku. Dotychczasowe okoliczne parafie okazały się niewystarczające, a liczba ludności miasta wciąż wzrastała. Ks. Jeleń patronował sprawie, ale budowę nowego kłodzkiego kościoła zlecono ks. Ryszardowi Dominikowi. 14 września 1981 r. - w święto Podwyższenia Krzyża Świętego - na placu przeznaczonym pod budowę kościoła, tuż przy krzyżu odprawiono pierwszą Mszę św. Później niedaleko krzyża stanęła szopa pełniąca początkowo funkcję kaplicy. Projektem kościoła zajął się architekt mgr inż. Andrzej Weber. Ks. Ryszard Dominik spotkał się z nim w sprawie projektu 31 lipca 1981 r. Mimo groźby utraty prawa do wykonywania zawodu, architekt podjął się tego zadania. A były to czasy niełatwe. Pan Weber zaprojektował zespół katechetyczny z kaplicą, budynki mieszkalne i kościół. Zajmował się tym przedsięwzięciem do 1994 r. Po jego śmierci projekt autoryzował mgr inż. Andrzej Sankowski. Dzięki ogromnemu zaangażowaniu parafian kaplica, której budowa rozpoczęła się 15 maja, już 15 grudnia 1982 r. była zadaszona. W trakcie budowy erygowano parafię. Blok katechetyczny zaczęto budować rok później w marcu, a od września odbywały się tam już lekcje religii. W latach 1984-88 wybudowano obiekty administracyjno-mieszkalne. W 1997 r. rozpoczęto budowę kościoła, który otrzymał tytuł „Wotum Jubileuszu 2000-lecia Narodzin Pana Jezusa”, nadany przez kard. Henryka Gulbinowicza na prośbę księdza proboszcza. Kościół w stanie surowym został poświęcony w czasie pierwszej Mszy św. odprawionej przez Księdza Kardynała 24 grudnia 2000 r. Konsekracja kościoła pw. Podwyższenia Krzyża Świętego miała miejsce 14 października 2003 r., której dokonał kard. Gulbinowicz. Dzięki ofiarności ludzi udało się wybudować i wyposażyć świątynię. Do darów należy m.in. obraz Matki Bożej Częstochowskiej ufundowany przez kobiety. Obraz został poświęcony 20 sierpnia 1983 r. na Jasnej Górze podczas pielgrzymki parafialnej. Umieszczono go w kaplicy im. Matki Boskiej Częstochowskiej.
W kościele znajdują się ograny, które parafia posiada dzięki Towarzystwu Przyjaciół Ziemi Kłodzkiej. Towarzystwo za sumę 40 tys. zł pozyskało organy z kościoła św. Piotra we Frankfurcie nad Menem, wyświadczając protestantom przysługę, ponieważ demontaż instrumentu był kosztowny, a tamtejsza wspólnota postanowiła oddać kościół miastu w planach zamienienia go na centrum kultury chrześcijańskiej. Organy zostały wymontowane w ciągu czterech dni i już w lipcu 2003 r. przyjechały do Kłodzka, ale wymagały renowacji i przebudowy. W 2003 r. wykonano dla parafii 3 dzwony, zamówione w Przemyślu u państwa Felczyńskich, ze złomu zebranego przez księdza proboszcza. Pierwszy dzwon nosi imię Jan Paweł II, drugi - św. Wojciech, trzeci został poświęcony Matce Bożej Częstochowskiej. Początkowo, gdy kościół jeszcze nie istniał, dzwony były zamontowane na specjalnej konstrukcji.
W kościele znajduje się kaplica całodziennej adoracji Najświętszego Sakramentu. Codziennie po porannej Mszy św. wystawiany jest Najświętszy Sakrament, który można adorować do godzin wieczornych. Na terenie parafii znajduje się kaplica mszalna pw. Macierzyństwa Najświętszej Maryi Panny w Kłodzku-Zagórzu, która została wybudowana pod koniec XVIII wieku w stylu późnego baroku.
W parafii Podwyższenia Krzyża Świętego działają: Rada Parafialna, Żywy Różaniec - w tym jedna róża nauczycieli i katechetów, Parafialny Zespół Caritas, Służba Liturgiczna Ołtarza oraz schola dziecięca. - Bardzo prężnie działa duszpasterstwo młodzieży „TRATWA”, założone dwa lata temu przez ks. Arkadiusza Raczyńskiego - mówi ks. proboszcz Julian Rafałko. - Róża nauczycieli i katechetów stanowi zalążek duszpasterstwa nauczycieli - spotykam się z nimi w pierwsze piątki miesiąca po wieczornej Mszy św. na zmianę tajemnic, modlitwę i rozmowy duszpastersko-formacyjne.
Ks. proboszczowi Julianowi Rafałko pomagają w pracy duszpasterskiej księża wikariusze - ks. Arkadiusz Raczyński i ks. Sebastian Olszewski. Oni również zajmują się katechizacją młodzieży w Zespole Szkół Ponadgimnazjalnych nr 1 im. prof. Wacława Żenczykowskiego. W Szkołach Podstawowych nr 3 i nr 6 uczy pięć świeckich katechetek. Msze św. sprawowane są w parafii w dni powszednie o godz. 6.30 i 18, w dni świąteczne - godz. 8, 9.30, 11, 12.30, 17 i 20 (od maja do września).

Parafia pw. Podwyższenia Krzyża Świętego

Dekanat: Kłodzko
Adres: ul. Stefana kard. Wyszyńskiego 1, 57-300 Kłodzko, tel. 74 867-24-20
Proboszcz: ks. kan. Julian Rafałko, dziekan dekanatu Kłodzko
Wikariusze: ks. Arkadiusz Raczyński, ks. Sebastian Olszewski
Odpust: 14 września
Wieczysta adoracja: 10 marca i 9 września