Uroczystości koronacyjne rozpoczęły się 30 września. Przez cały dzień do Torunia przybywali pielgrzymi i specjalnie zaproszeni goście z całego kraju. Zjechała się przede wszystkim znaczna liczba duchownych. Byli to głównie redemptoryści z różnych domów rozsianych po całej Polsce oraz duchowieństwo diecezji chełmińskiej, przede wszystkim przedstawiciele Kurii Diecezjalnej Chełmińskiej z Pelplina.
Po godz. 18.00 świątynia na Bielanach wypełniła się wiernymi. O. Tadeusz Sitko przedstawił program całych obchodów. Kościół był tak wypełniony, że część ludzi zmuszona była stać na zewnątrz, w sumie miało być ok. 3 tys. wiernych. O. Stefan Zalewski, komentator uroczystości, wygłosił kilkuminutowy komentarz dotyczący Mszy św. i jej przebiegu. O godz. 19.00 sufragan chełmiński bp Zygfryd Kowalski odprawił Mszę św. Kazanie wygłosił sufragan włocławski bp Jan Zaręba. Miał on wtedy powiedzieć m.in. następujące słowa: „W czasach niewiary i laicyzacji świata współczesnego trzeba nam wiary i zaufania Bogu. Zawistny i bezbożny świat chciałby wyrwać Boga z serca i duszy wierzących. Biskupi całego świata przybyli na Synod do Rzymu. Jedynie delegaci polskiego Episkopatu nie mogli się tam udać i ich fotele stoją puste”. Po Eucharystii odmówiono Różaniec, poprowadzili go księża salezjanie.
O godz. 22.00 rozpoczęło się czuwanie, które prowadzili klerycy redemptorystów, a następnie o. Henryk Bernacki. O godz. 24.00 rozpoczęła się Msza św., przewodniczył jej sufragan diecezji chełmińskiej bp Bernard Czapliński, homilię wygłosił sufragan siedlecki bp Wacław Skomorucha. Msza św. miała zgromadzić ok. 2 tys. wiernych.
Sobotnie wydarzenia w następujących słowach podsumował kronikarz toruńskiego domu zakonnego: „Jak dotychczas wszystko idzie bardzo ładnie, sprawnie. Ludu i duchownych dużo”. W nocy padał deszcz i obawiano się, że zniszczy on przygotowany ołtarz polowy. Na szczęście deszcz przestał padać nad ranem.
W niedzielę zostały odprawione cztery Msze św. Pierwsze dwie miały miejsce w kościele: o godz. 5.30 Msza św. cicha; o godz. 7.00 Eucharystię odprawił ordynariusz przemyski bp Ignacy Tokarczuk, podczas której kazanie wygłosił o. Tadeusz Sitko. Godzinę później Mszę św. celebrowano przy ołtarzu polowym ustawionym na placu przy kościele i domu zakonnym. Przewodniczył jej ordynariusz tarnowski bp Jerzy Ablewicz. Kazanie wygłosił o. Stefan Zalewski. Ostatnia Msza św. przed głównymi uroczystościami została odprawiona o godz. 9.00, celebrował sufragan siedlecki bp Wacław Skomorucha, a homilię wygłosił o. Stanisław Podgórski.
Przygotowania do najważniejszych uroczystości miały miejsce ok. godz. 10.00, kiedy to na Bielanach pojawił się Prymas Stefan Wyszyński. Jego ingres miał miejsce o godz. 10.30. Ksiądz Prymas wraz z biskupami oraz duchowieństwem udał się na plac przed kościołem. Po przybyciu procesji przed ołtarz polowy nastąpiło powitanie wygłoszone przez wiceprowincjała redemptorystów o. Stanisława Wójcika, który, opisując rozwój kultu Matki Bożej w Toruniu, powiedział m.in.: „Stąd też, z toruńskich Bielan, szerzył się żywy kult maryjny na dalekie okolice Polski. Sprowadzano obrazy, zakładano Nieustanne Nowenny w setkach kościołów na wzór Torunia. Mnogie tysiące wiernych dzieci Kościoła gromadzi się co tydzień na osobne nabożeństwa, by przed obrazem Matki prosić o Jej nieustanną pomoc. Gorąco pragniemy, aby dzisiejsza koronacja obrazu Matki Bożej była znakiem naszej wiary w Maryję, Bogarodzicę, Matkę Kościoła, i w Jezusa Chrystusa, do którego jest Ona drogą najpewniejszą, i we wszystkie dogmaty katolickie - organicznie złączone z dogmatem Wcielenia Słowa i Bożego macierzyństwa”.
Po nim głos zabrał rektor domu zakonnego toruńskich redemptorystów o. Alfons Wittig. Przywitał on kard. Stefana Wyszyńskiego następującymi słowami: „Witam (...) prymasa i wodza duchowego Polski, który w specjalnie przykrych okolicznościach, nie mogąc w tej chwili znaleźć się osobiście u boku Pawła VI i pracować dla dobra całego Kościoła, zdecydował się przybyć do Torunia”. Następnie Prymas i biskupi zostali powitani przez delegacje: dzieci, która wręczyła im kwiaty, młodzieży i rodzin, a potem głos zabrał bp Kazimierz Kowalski.
O. Tadeusz Sitko zapowiedział kolejny punkt uroczystości i przygotował zebranych do aktu koronacji. Podczas śpiewu wezwań do Matki Bożej Nieustającej Pomocy Prymas Wyszyński na czele z biskupami wyruszył do kościoła w procesji po obraz. Po krótkiej adoracji przed obrazem procesja wyszła ze świątyni. Obraz niosła delegacja młodzieży. Po przeniesieniu obrazu na wyznaczone miejsce biskupi zajęli miejsca przy ołtarzu.
Następnie odczytano bullę papieską zezwalającą na koronację oraz listy gratulacyjne od generała zakonu redemptorystów o. Wilhelma Gaudreau i kard. Karola Wojtyły. Po odmówieniu modlitw miało miejsce poświęcenie złotych koron. Umieszczone one były na poduszce przyozdobionej kwiatami, którą trzymał Marian Jaruszewski, natomiast po bokach opadał welon, który podtrzymywały Kazimiera Kalemba i Zofia Strzałka. Kard. Wyszyński nałożył korony na obraz. Po chwili ciszy miejscowi gołębiarze wypuścili kilkadziesiąt gołębi, a orkiestra zagrała hejnał i fanfary. Po odśpiewaniu pieśni obraz zawieszono na stalowych linkach nad ołtarzem.