Sprawa Orędzia została podjęta 17 stycznia 1966 r. podczas posiedzenia w Warszawie Komisji Głównej Episkopatu. Obecni na nim abp Karol Wojtyła i bp Michał Klepacz scharakteryzowali reakcję społeczeństwa na list biskupów polskich do biskupów niemieckich. Przewodniczący obradom kard. Stefan Wyszyński omówił z kolei odbiór Orędzia na płaszczyźnie międzynarodowej:

Biskupi polscy "Orędziem"swoim ogromnie zyskali w całym świecie, nawet tam, gdzie byli uważani za szowinistów, oceniających naszą religijność nacjonalistycznie.

W sprawie niewydania Księdzu Prymasowi paszportu postanowiono nie reagować, natomiast po sugestii abp. Wojtyły uznano, że trzeba przygotować list do Rządu z odpowiedzią na zarzuty, jakie ten stawia Episkopatowi. Niektórzy z biskupów byli zdania, iż jawi się konieczność jak najszybszego przygotowania listu do wiernych w sprawie Orędzia oraz reakcji na nie władz komunistycznych i odczytania go z ambon wszystkich kościołów w Polsce. Kard. Wyszyński był zupełnie innego zdania. Uważał bowiem, że niech propaganda wytrzaska wszystkie argumenty. Doświadczenia pokazały już (Komunikat Rządu i wypowiedź Gomułki) rzeczywiste intencje komunistów.

W notatkach Księdza Prymasa, sporządzonych podczas tego posiedzenia, możemy odnaleźć niezwykle ciekawą analizę takich a nie innych działań Rządu:

Przyczyny tej akcji. Dla Rządu najważniejszym problemem jest uzależnienie się od ZSRR. Rosja jest bardzo czuła na stanowisko do Niemiec Zach. Jest zespół przyczyn:

- autorytet Episkopatu ogromnie wzrósł i w kraju, i zagranicą; w społeczeństwie wzrosło ciepłota religijna. Chcieli mieć sondaż opinii;

- trudności gospodarcze, od których chce się odwrócić uwagę społeczeństwa;

- rozgrywki partyjne, które są wykorzystywane przez jedną frakcję przeciwko drugiej.

Chociaż kard. Wyszyński był bardzo ostrożny w sprawie listu do wiernych o Orędziu, to jednak nie dyspensował się od obowiązku informowania wiernych o aktualnej sytuacji Kościoła. Wykorzystywał do tego przede wszystkim spotkania z księżmi. Tak się stało między innymi podczas konferencji księży dziekanów archidecezji gnieźnieńskiej 3 lutego. Być może dobrze byłoby zapoznać się z całym jego przemówieniem, ale objętość Niedzieli Gnieźnieńskiej i charakter tej biografii Księdza Prymasa na to nie pozwala. Ksiądz Prymas przypomniał, że opublikowane przez Forum teksty Orędzia i Listu biskupów niemieckich są przeinaczone. Różnice wynikają ze sposobu przekładu i nie dotyczą, poza jednym wyjątkiem, istotnych spraw. Następnie omówił reakcję polskiego Rządu, sprawę odmowy wydania mu paszportu oraz przemówienie Władysława Gomułki. Warto zacytować fragment oceny tych działań:

Gdy idzie o rezultaty w Polsce, wydaje mi się, że raczej są dodatnie, pomimo, że w niektórych kołach, zwłaszcza inteligenckich, jakiś osad niewątpliwie pozostał. Jednak wydaje mi się, że ta cała akcja uwydatniła w jakimś wymiarze wrażliwość społeczeństwa polskiego na Milenium. Co więcej, ma to nawet znaczenie polityczne dla partii, która przypomniała sobie Mielenium i zaczęła na gwałt znowu o nim mówić, oczywiście, po swojemu, jak zawsze dotychczas.

Dużo miejsca Prymas Tysiąclecia poświęcił analizie postawy Episkopatu niemieckiego. Kard. Wyszyński w kontaktach z nimi dostrzegał ich zażenowanie, bo mają sumienia kapłańskie, biskupie.