Nowy sufragan pełnił posługę przez 13 miesięcy. 17 listopada 1939 r. gestapo aresztowało wszystkich obecnych w domu biskupim. Na więźniów wydano wyrok śmierci. W pierwszej kolejności była to konsekwencja faktu, iż należeli do kleru katolickiego, ale w przypadku późniejszego Błogosławionego, czegoś jeszcze. Bp Goral od wybuchu wojny nie zamierzał opuszczać miasta, do czego był nakłaniany. Został z ludźmi nawet po pierwszym bombardowaniu, kiedy o mało nie zginął pod gruzami własnego mieszkania. 3 września wygłosił kazanie na pogrzebie pierwszych ofiar wojny, 14 - przewodniczył Mszy św. u Dominikanów, stale pocieszał ludzi i modlił się z nimi. Gestapo zainteresowało się biskupem 8 października 1939 r. Mimo tego, 1 listopada poprowadził on procesję na cmentarz przy ul. Lipowej, a w Dzień Zaduszny nabożeństwo. Wierny powołaniu i obowiązkom, został skazany na kilkuletnią katorgę w izolowanej celi bunkra w obozie Sachsenhausen-Oranienburg, gdzie przebywał od 4 grudnia 1940 r. Według świadków, był jednak przygotowany, aby, jak mówił, „dla sprawy Kościoła i tam pójść”.
4 kwietnia br., w 61. rocznicę męczeńskiej śmierci bp. Gorala, w Katolickim Uniwersytecie Lubelskim Jana Pawła II odbyło się sympozjum naukowe, wzbogacone galerią zdjęć i wystawą pamiątek po Błogosławionym (znalazły się tam m.in. korespondencja obozowa i przyznany mu pośmiertnie order Polonia Restituta). Sympozjum współorganizowali: Instytut Historii KUL, Akcja Katolicka Archidiecezji Lubelskiej, Postulacja Procesu Kanonizacyjnego 108 Bł. Męczenników Kościoła w Polsce oraz WMSD w Lublinie. Z uwagi na udział specjalistów z różnych dziedzin: historii, teologii, prawa i historii Kościoła było ono, zgodnie z życzeniem organizatora dr. hab. Cezarego Tarachy, pogłębioną refleksją na temat życia, działalności i męczeństwa bp. Gorala.
Referaty dotyczyły życia Błogosławionego i jego działalności ukazanej na tle sytuacji Kościoła lubelskiego w II RP (wykład ks. Janusza Latocha) oraz męczeństwa i procedur kanonizacyjnych. Na podstawie akt USC w Dysie dr Jacek Chachaj ustalił, że trzon rodziny Goralów stanowili gospodarze ziemscy. Dziadek Wojciech i dalsi przodkowie: Jan i Jędrzej mieszkali w Nasutowie. Rodzina zamieszkiwała także w Nowym Stawie, Rudce i Stoczku, gdzie w 1898 r. przyszedł na świat późniejszy Błogosławiony. W domu rodzinnym uczył się wrażliwości i pracowitości. Krewna Biskupa potwierdza, że potrafił dosłownie „oddać ostatnią koszulę” potrzebującemu i nie ma w tym stwierdzeniu żadnej przesady. O dobroci ks. Gorala mówili wszyscy świadkowie w procesie beatyfikacyjnym, których relacje przytaczał ks. dr Jarosław Popławski, kreśląc duchową sylwetkę Błogosławionego.
Lata poświęcone studiom pomogły mu skutecznie służyć Kościołowi na polu duszpasterskim i charytatywnym oraz integrować kler lubelski. Budowa domu dla kapłanów emerytów, opieka nad placówką wychowawczą Sióstr Pasterek na Wiktorynie, praca wśród robotników polskich we Francji i Szwajcarii podczas wakacji, obowiązki asystenta Akcji Katolickiej (omówione przez prof. St. Olczaka) i opieka nad środowiskiem organistów (wykład dr. Marka Bochniaka) - to tylko pewne obszary, świadczące o rozległości zainteresowań i zaangażowania Księdza Biskupa. Wspierał też apostolskie zadania odnowy rodziny, był autorem konstruktywnej krytyki projektu prawa małżeńskiego, uchwalonego przez Komisję Kodyfikacyjną 28 maja 1929 r. Stanowisko Biskupa w tej kwestii prezentował dr Adam Redzik.
Pobyt w Rzymie i Fryburgu Szwajcarskim zetknęły ks. Gorala z rozmaitością kultur i problemami narodów świata. Przy czym, jak mówił abp Życiński w homilii podczas Mszy św. wieńczącej obrady, zagraniczne wyjazdy nie „przesączyły” go inną kulturą i nie umniejszyły jego uczuć patriotycznych. Na łamach „Wiadomości Diecezjalnych Lubelskich” komentował wypadki wojny domowej w Hiszpanii w latach 30. i analizował sytuację w krajach latynoamerykańskich. Poruszanie tej tematyki świadczy o wrażliwości ks. Gorala na martyrologię Kościoła, atakowanego przez komunistów. Temat omawiał dr hab. C. Taracha, analizując materiały prasowe autorstwa Błogosławionego z uwzględnieniem tła historycznego wydarzeń. Ks. Goral sam organizował też kursy antykomunistyczne, nie chcąc dopuścić, „by ludzie powierzeni naszej pieczy mieli się zamienić we wrogów Boga i człowieka”.
Ksiądz Biskup był otoczony powszechnym szacunkiem i opinią świętości nie tylko w ostatnich latach życia. Siostrzeniec Błogosławionego był świadkiem jego powitania z ks. kan. Witkowskim, proboszczem z Dysa, który niegdyś udzielał mu chrztu św. Scena ta przypominała spotkanie kard. Stefana Wyszyńskiego z Janem Pawłem II, uwiecznione w pomniku na dziedzińcu KUL-u. „Ksiądz Kanonik lekko popychał mnie do przodu, żebym stał trochę bliżej biskupa” - rozmówca, wówczas mały ministrant, dobrze zapamiętał ten szczegół. Jak mówił ks. dr Tomasz Kaczmarek, bp Goral został beatyfikowany w gronie 108 Męczenników, którzy oddali życie za Kościół i Ojczyznę. O pomyślnym zakończeniu procesu beatyfikacyjnego zadecydował całokształt życia kandydata, o czym wspominali ks. prof. Henryk Misztal, kanonista, i ks. Józef Maciąg. Nie ma wątpliwości, że i na krótko przed śmiercią pozostawał w bliskości z Bogiem, że mimo podejmowanych przez Niemców prób upodlenia, zachował ludzką godność.
Tuż po wojnie kard. Hlond pisał do ordynariusza lubelskiego Fulmana: „O ile mi wiadomo, o biskupie Goralu wieści od lat przepadły”. Przez jakiś czas istniała nadzieja, że wróci. Dopytywali się o niego ocaleni współwięźniowie, m.in. Franciszek von Galen, który utrzymywał opinię o świętości polskiego biskupa. Niestety, w 1945 r. bp Goral spełniał kryteria „do likwidacji”. Był już ciężko chory, a dodatkowo uznany za więźnia niebezpiecznego, „z czego wnioskować należy, że zaliczyć się go powinno do grupy biskupów, którzy życiem przypieczętowali wierność dla Kościoła i Polski” - pisze dalej kardynał. Tablica na kościele pw. Najświętszego Zbawiciela w Lublinie, w którym 2 listopada 1939 r. bp Goral odprawił Mszę św. na krótko przed aresztowaniem, podaje jedną z prawdopodobnych dat jego śmierci - grudzień 1944 r. „Smutek to i strata wielka, ale i zarazem chluba i zapowiedź błogosławieństw Bożych” (List kard. Augusta Hlonda z dn. 29 lipca 1945 r.).