Uroczystą inaugurację piątego roku działalności Wydziału Teologicznego UMK rozpoczęła Msza św. w kaplicy Wyższego Seminarium Duchownego w Toruniu pod przewodnictwem bp. Józefa Szamockiego. W homilii Biskup Józef mówił o mądrości zdobywanej na wykładach przez studium własne, ale także i tej zdobywanej na kolanach.
Druga część inauguracji odbyła się w Auli Głównej UMK. Chór Wydziału Teologicznego „Tibi Domine” i członkowie Chóru Akademickiego UMK, pod kierunkiem ks. dr. Mariusza Klimka, zaśpiewali Gaude Mater Polonia. Nowo wybrany dziekan Wydziału ks. prof. dr hab. Jan Perszon, otwierając rok akademicki 2005/06, podziękował poprzedniemu dziekanowi ks. prof. dr hab. Jerzemu Bagrowiczowi oraz jego współpracownikom za pierwsze, jakże trudne kroki, które przyszło im stawiać podczas organizacji Wydziału. Przypomniał, że powołaniem Wydziału Teologicznego jest służba prawdzie o człowieku i świecie. Trud, jaki podejmują studenci Wydziału, zgłębiając nauki filozoficzne i teologiczne, muszą umiejętnie łączyć z życiem religijnym - modlitwą i więzią z Bogiem. Ksiądz Dziekan wyraził też nadzieję, że zarówno wykładowcy, jak i studenci przez solidną pracę i rzetelne badania naukowe będą dobrze służyć prawdzie.
Po przemówieniu Księdza Dziekana studenci I roku studiów dziennych złożyli ślubowanie i otrzymali indeksy z rąk prodziekana ks. dr. Dariusza Koteckiego. Następnie przedstawicielka studentów Aleksandra Oparka z V roku przypomniała krótką historię Wydziału - jak sama określiła - „przedszkolaka” wśród wydziałów naszego Uniwersytetu. Także i ona mówiła o łączeniu wiedzy teologicznej z życiem wiarą i dawaniem świadectwa w środowiskach codziennego życia.
Wykład inauguracyjny wygłosił ks. prof. dr hab. Mirosław Mróz. Podjął on temat: Wojna sprawiedliwa i jej moralna przejrzystość. Św. Tomasz z Akwinu we współczesnej dyskusji o „bellum iustum”. Następnie ponownie wystąpił chór „Tibi Domine”.
W inauguracji wzięli udział m.in. przedstawiciele samorządu lokalnego i duchowieństwa toruńskiego. Na koniec głos zabrał ustępujący dziekan ks. prof. dr hab. Jerzy Bagrowicz, który podziękował wszystkim wspierającym go w trudzie tworzenia i nadawania struktur wydziałowych. Wejście teologii na Uniwersytet stało się doświadczeniem nowym, co przy wyniesionych z poprzedniej epoki uprzedzeniach nie było wcale łatwe. Marzeniem ks. Bagrowicza było, aby studenci teologii przez studiowanie budowali własną tożsamość i wzrastali na ludzi otwartych, gotowych do dialogu, niezalęknionych, niezamykających drzwi przed światem, ale idących w świat z poczuciem posłania.
Ks. Bagrowicz życzył, aby wszystkie inicjatywy, które zostały podjęte (zwłaszcza rozbudowa budynku), zostały jak najprędzej ukończone.
Zainteresowanie studiowaniem na Wydziale Teologicznym UMK nie maleje. Podobnie jak w poprzednich latach, zapełnione zostały wszystkie miejsca przewidziane dla studentów pierwszego roku. Zdających egzamin wstępny było znacznie więcej. W minionych 4 latach magisterium uzyskało 170 osób. Obroniono także 7 prac doktorskich. Ksiądz Dziekan zapowiedział także uruchomienie od przyszłego roku nowej specjalności - opieka socjalna.