Punktem wyjścia do późniejszej Unii Lubelskiej 1569 r. była unia w Krewie z 1385 r., określająca konsekwencje wynikające dla Polski i Litwy z małżeństwa wielkiego księcia litewskiego Jagiełły i króla Polski Jadwigi, w postaci włączenia Litwy do Polski, czego warunkiem był chrzest Litwy. Nie było wówczas mowy o unii dwóch równorzędnych państw. Jagiełło wraz z członkami swego rodu uważał państwo litewskie za swą rodzinną własność, i stąd inkorporacja Litwy do Polski – w zamian za tytuł królewski – wydawała mu się czymś naturalnym.

W rzeczywistości program ten nigdy nie został zrealizowany, a samodzielne państwo litewskie nie przestało istnieć. Już w 1392 r. w myśl ugody Jagiełły z jego stryjecznym bratem, Witoldem, ten ostatni objął władzę nad Litwą oraz księstwami ruskimi wchodzącymi w skład Wielkiego Księstwa. Ostatecznie zrealizowany został model unii dynastycznej. Jagiellonowie obierani byli na królów Polski, zatrzymując jednocześnie urząd wielkiego księcia Litwy. A paradoksalnie silna i dziedziczna władza Jagiellonów w Wielkim Księstwie Litewskim dawała im także silniejszą pozycję w Polsce, gdzie król liczyć się musiał z rosnącymi prawami szlacheckiego społeczeństwa obywatelskiego.

Na przełomie XV i XVI wieku kształtuje się polski parlament. Izba poselska składa się z przedstawicieli sejmików ziemskich, senat natomiast – z najwyższych dostojników mianowanych przez króla, wojewodów, kasztelanów i biskupów rzymskokatolickich. Król musiał się liczyć z kontrolującym go parlamentem. Jednym z wielkich sukcesów polskiego ruchu szlacheckiego było zapewnienie równych praw wszystkim członkom tego stanu.

Tak silna pozycja szlachty w Polsce była czymś bardzo atrakcyjnym dla bojarstwa litewskiego i ruskiego, dlatego właśnie to środowisko parło ku coraz silniejszym związkom z Polską, wbrew miejscowej magnaterii. Sytuacja na Litwie była taka, że tamtejsi możni zdecydowanie odrzucali możliwość inkorporacji i obawiali się bliższych związków z Polską, a kształtująca się tam szlachta popierała tę ideę.

Kolejnym elementem wzmacniającym dążenia do integracji obu państw było zagrożenie zewnętrzne. Od końca XV wieku silnym zagrożeniem dla Wielkiego Księstwa była Rosja. Drugim zagrożeniem były wojny o Inflanty, o które rywalizowały obok Rosji, Dania i Szwecja. Zatem dla Litwy współdziałanie wojskowe z Polską stało się w XVI stuleciu koniecznością. Podobne koncepcje wysuwał król Zygmunt August, zdecydowany na doprowadzenie do trwałej unii polsko-litewskiej, zdolnej przetrzymać nawet wygaśnięcie jagiellońskiej dynastii.

Za panowania Zygmunta Augusta rosło znaczenia młodej jeszcze szlachty litewskiej. Utworzono sejmiki powiatowe we wszystkich województwach Wielkiego Księstwa oraz zreformowano sądownictwo na korzyść szlachty. W ramy prawne ujął to Drugi Statut Litewski z 1566 r. Potwierdził je Zygmunt August w dokumencie z 1568 roku, a więc dosłownie w przeddzień sejmu zjednoczeniowego w Lublinie.

Sejm Lubelski

Na 23 grudnia 1568 r. Zygmunt August zwołał do Lublina oba sejmy: koronny (polski) oraz litewski, aby ostatecznie rozstrzygnąć sprawę. Obradowały one w zasadzie osobno, zbierały się na wspólnych posiedzeniach tylko dla spraw najważniejszych.

W polskiej izbie przeważała opinia potrzeby włączenia Litwy do Polski, a z kolei ze strony litewskiej większość magnatów, mająca wciąż silne wpływy, była temu przeciwna. Koniecznością stało się szukanie kompromisu. Spierano się m. in. o to, czy obok wspólnego sejmu polsko-litewskiego pozostać miały sejmy osobne – litewski i polski. Strona litewska żądała, by wybór władcy odbywał się na granicy przy odrębnym obwoływaniu osoby króla i wielkiego księcia.

1 marca Litwini opuścili Lublin, zdawało się, że idea unii została pogrzebana. W odpowiedzi na to stany polskie podjęły decyzję włączenia do Królestwa Polskiego Podlasia i Wołynia, obszarów długotrwałego sporu między obu stronami, a w początkach czerwca na wniosek posłów wołyńskich przyłączono do Królestwa Kijowszczyznę i wschodnie Podole (województwo bracławskie). W odpowiedzi na to magnaci litewscy rozważali wręcz wypowiedzenie wojny, natomiast inkorporacje tych województw do polski poparła tamtejsza szlachta. A to dlatego, że otrzymywała natychmiast wszystkie przywileje szlachty polskiej, zachowując oficjalny język ruski i prawo sądowe – czyli Statut Litewski. Szlachta litewsko-ruska parła też zdecydowania ku silniejszej niż dotąd unii międzypaństwowej. W początkach czerwca Litwini wrócili więc do Lublina i szybko doprowadzono do kompromisu. Ostatecznie sejmy: litewski i koronny 1 lipca przyjęły uroczyście akta Unii, a Zygmunt August uczynił to 4 lipca.

Najważniejszą decyzją było powołanie wspólnej Rzeczypospolitej Obojga Narodów. „Królestwo Polskie, Wielkie Księstwo Litewskie jest jedno nieróżne i nierozdzielne ciało, a także nieróżna, ale jedna jest wspólna Rzeczpospolita, która się z dwóch państw i narodów w jeden lud i państwo zniosła i spoiła” – czytamy w preambule unijnego aktu. Jednak szczegółowe postanowienia prowadziły nie tyle do stworzenia jednego państwa, ale do federacji Korony i Wielkiego Księstwa. Były to odrębne i równoprawne państwa, ale ściśle z sobą związane.

Fundament Rzeczpospolitej stanowić miał wspólny władca - król Polski i wielki książę Litwy w jednej osobie - wraz z sejmem. Odrzucono ideę odrębnych sejmów koronnych i litewskich, miał to być odtąd senat i sejm Rzeczypospolitej. Jednocześnie Korona i Wielkie Księstwo zachowywały odrębne urzędy centralne: kanclerza, hetmana, wojsko oraz skarb. Tak więc przy jednej władzy ustawodawczej – sejmie – działały dwie odrębne władze wykonawcze: koronna i litewska.

Siłą Unii – jak podkreśla Jerzy Kłoczowski – „było jej oparcie na szlacheckim społeczeństwie obywatelskim obu narodów politycznych: polskiego i litewskiego, które po prostu utożsamiały się z coraz głębiej z Rzeczpospolitą jako ich własnym państwem”.