We wrześniu do grobu ks. Jerzego przybyło 13430 osób w 177 zorganizowanych grupach pielgrzymkowych. Najwięcej było pielgrzymek parafialnych, które przybyły z 208 miejscowości z Polski. Spośród cudzoziemców odnotowano 1015 turystów z Anglii, Białorusi, Francji, Hiszpanii, Kanady, Niemiec, Portugalii, Szwajcarii, Tajlandii, Włoch, USA i Ukrainy.

9 września minęła 14. rocznica śmierci ks. prał. Teofila Boguckiego, ojca duchowego ks. Jerzego. W jego intencji odprawiona została Msza św. koncelebrowana, której przewodniczył ks. Piotr Presner. Po Mszy św. kapłani wraz z wiernymi udali się na modlitwę do jego grobu, gdzie złożono kwiaty.

W dniach 15-16 września odbywała się XIX Ogólnopolska Pielgrzymka Ludzi Pracy na Jasną Górę (pierwszą z nich zorganizował ks. Jerzy). Co roku w tych dniach wielu pielgrzymów zdążających na Jasną Górę nawiedza grób Kapłana-Męczennika. W tym roku w zorganizowanych grupach pielgrzymkowych przybyło 3500 osób.

16 września hołd modlitewny ks. Jerzemu złożył abp Ruben Hektor di Monte z archidiecezji Mercedes-Lujan w Argentynie wraz z osobami towarzyszącymi. Wśród gości był ambasador Argentyny w Polsce Norberto Auge. Dostojni goście zwiedzili w kościele wystawę fotograficzną o Słudze Bożym. Abp Monte uznał za wielki zaszczyt nawiedzenie miejsca, które nazwał symbolem narodu polskiego.

17 września modlił się przy grobie ks. Jerzego kard. Karl Lehmann, biskup Moguncji. Do księgi pamiątkowej wpisał słowa: " Z ogromną wdzięcznością przybyliśmy do grobu ks. Jerzego Popiełuszki i modlimy się razem z polskimi przyjaciółmi, aby Jego duch, tak mocnego świadectwa wiary, aż do oddania życia, zainspirował Polaków, Niemców oraz wszystkich chrześcijan w Europie i dodał im otuchy".

18 września, w święto patrona parafii św. Stanisława Kostki młodzież maturalna modliła się w intencji próbnej matury. Do grobu ks. Jerzego przybyły dwie pielgrzymki zagraniczne: z Włoch ( 35 osób) i z Niemiec (83 osoby). Pątnicy z Rzymu wpisali słowa: " Tylko miłość jest twórcza", a Niemcy w hołdzie "nowemu świętemu naszych czasów" dziękowali za "śmierć w obronie wolności, Solidarności i wiary".

19 września bp Piotr Jarecki celebrował Mszę św. za poległych w wyniku zamachu terrorystycznego w dniu 11 września w Nowym Jorku i w Waszyngtonie. W Mszy św. wzięli udział przedstawiciele ambasady USA oraz władz polskich. Ksiądz Biskup modlił się nad grobem ks. Jerzego o zwycięstwo dobra nad nienawiścią.

30 września o godz. 16.00 odprawiona została Msza św. w intencji ugrupowania AK "Żywiciel", a na Mszy św. o godz. 18.00 modlono się w intencji Ojczyzny. Ta Msza św. zgromadziła młodzież, przedstawicieli Ministerstwa Edukacji Narodowej i władz samorządowych Żoliborza. Modląc się za Ojczyznę, polecano Panu Bogu młodzież. Mszy św. przewodniczył i homilię wygłosił ks. dr Henryk Małecki, dyrektor ds. katechizacji Kurii Metropolitalnej Warszawskiej. Ks. Małecki zwrócił się do nauczycieli, "żeby niezależnie od przedmiotu, którego uczą, ukazywali piękno powołania do miłości, piękno życia z Panem Bogiem, które prowadzi do pełni człowieczeństwa". Podczas Mszy św. młodzi złożyli dary ołtarza dla biednych. Modlitwa przy grobie ks. Jerzego o jego beatyfikację zakończyła niedzielną uroczystość.