Spotkanie modlitewne rozpoczęło się od wjazdu Ojca Świętego przed Kaplicę Objawień, gdzie przez długą chwilę modlił się on w milczeniu, stojąc, przed figurą Matki Bożej Fatimskiej. Towarzyszył temu śpiew chóru, który wykonał po łacinie pieśń na rozpoczęcie. Następnie pobłogosławił on świece, które - zapalone - trzymali w rękach zebrani wierni, po czym wygłosił przemówienie po portugalsku, w którym przypomniał rolę i miejsce Maryi w Kościele oraz podkreślił znaczenie miłosierdzia Bożego, które - jak zaznaczył - jest większe od grzechu i kary za niego.

Potem rozpoczęła się modlitwa różańcowa, podczas której odmawiano i rozważano tajemnice radosne: Zwiastowanie Matce Bożej, nawiedzenie przez nią św. Elżbiety, narodziny Pana Jezusa w Betlejem, ofiarowanie Pana Jezusa w świątyni i znalezienie Go tam. Modlitwy: Ojcze nasz i Zdrowaś Mario odmawiano łącznie w 10 językach, kolejno po portugalsku, arabsku, hiszpańsku, ukraińsku, włosku, koreańsku, angielsku, francusku, niemiecku i polsku. Wprowadzeniem do każdej tajemnicy było odczytanie przez portugalskiego kapłana fragmentu Ewangelii, odnoszącego się do tytułu poszczególnych tajemnic, a na zakończenie chór śpiewał stosowny hymn.

Po zakończeniu różańca Ojciec Święty wsiadł do papamobilu, obok kierowcy, i wolno opuścił główny plac, na którym zaraz po jego odjeździe rozpoczęła się procesja ze świecami z figurą Matki Bożej Fatimskiej. Na jej czele szli kardynałowie i biskupi - portugalscy i zagraniczni - towarzyszący papieżowi w tej wizycie.