Historia instytutu jest długa i trudna. Powstał on w 1948 r. jako kolegium dla nauczycieli. Był przez wiele lat jedną z najbardziej prestiżowych placówek edukacyjnych prowadzonych przez Kościół w tym kraju. Jednak w 1961 r. został przejęty przez państwo i ostatecznie zamknięty w 1990 r. Kościół przez cały czas ubiegał się o jego zwrot, co zostało uwieńczone sukcesem dopiero w 2003 r. Od tego czasu trwały prace nad odrestaurowaniem całego kompleksu.

Od 2013 r. placówka działała już nieformalnie pod obecną nazwą, czyli jako Instytut Kulturalny Benedykta XVI. 15 stycznia 2015 r., w czasie swej podróży apostolskiej do Sri Lanki papież Franciszek nawiedził remontowany kompleks, modlił się także w znajdującym się na jego terenie niewielkim sanktuarium Matki Bożej Lankijskiej. Spotkał się tam wtedy m.in. ze wspólnotą jezuitów, która znajduje się tuż obok Instytutu.

Dziś Instytut posiada m.in. wydział dialogu międzyreligijnego. Wykłada się tam także nauki humanistyczne, teologię, filozofię, ekonomię, stosunki międzynarodowe i informatykę.