Jego powstanie wiąże się z reorganizacją sieci dekanalnej w archidiecezji warszawskiej po II wojnie światowej. Dokonał jej - na niespełna rok przed swoją śmiercią - kard. August Hlond, Prymas Polski. Początkowo dekanat obejmował duży powierzchniowo teren, na którym znajdowało się osiem parafii: Chotomów, Jabłonna, Kazuń Polska, Legionowo, Leoncin, Łomianki-Kiełpin, Łomna i Nowy Dwór. Pierwszym dziekanem nowodworskim był ks. Henryk Jóźwik, proboszcz w Nowym Dworze Mazowieckim.
Najpoważniejsza reorganizacja nastąpiła w 1987 r., kiedy to ze znacznej części dekanatu nowodworskiego utworzony został nowy dekanat z siedzibą przy parafii św. Jana Kantego w Legionowie.
Kiedy 25 marca 1992 r. powstała diecezja warszawsko-praska, w granicach dekanatu nowodworskiego znalazły się dwie nowodworskie parafie - dziekańska św. Michała Archanioła oraz Świętych Apostołów Piotra i Pawła, która powstała z jej części. W cztery lata później powstała parafia św. Bartłomieja Apostoła w Janówku, wydzielona z części parafii św. Michała Archanioła i parafii Wieliszew.
Najstarsza w dekanacie parafia św. Michała Archanioła (choć nosząca też tytuły Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, św. Stanisława biskupa i męczennika i św. Apolonii) erygowana została przez biskupa płockiego Krzysztofa Hilarego Szembeka w 1792 r. Kościół w Nowym Dworze (noszący wezwanie św. Małgorzaty) istniał już w XIII w. i był filią świątyni parafialnej w Okuninie. Konsekrował go w 1294 r. biskup płocki Tomasz. Proboszcz z Okunina przeniósł się do Nowego Dworu po wybudowaniu tu w 1792 r. kościoła. Świątynia powstała dzięki fundacji Stanisława Poniatowskiego, bratanka króla Augusta, w którego posiadaniu był Nowy Dwór od 1779 r.
W latach osiemdziesiątych XX w. - nie bez trudności - kościół został rozbudowany, a faktycznie - obok starej, zabytkowej świątyni, powstał piękny nowoczesny i funkcjonalny kościół. To już zasługa ks. prał. Czesława Żyły, długoletniego proboszcza, który do dziś służy parafii jako rezydent i dziekan.

Duchowieństwo dekanalne

Dziekanem dekanatu nowodworskiego jest ks. prał. Czesław Żyła, w latach 1971-2001 proboszcz parafii św. Michała Archanioła w Nowym Dworze Mazowieckim.
W dekanacie - obok Księdza Dziekana - pracę duszpasterską prowadzi trzech księży proboszczów (ks. kan. Andrzej Dusza u św. Michała Archanioła, ks. kan. Stanisław Wawrzyniak u Świętych Piotra i Pawła oraz ks. Jan Kazimierz Gołembiewski w Janówku). W parafiach nowodworskich proboszczów wspomaga pięciu księży wikariuszy. Średnia wieku księży proboszczów wynosi 49 lat, a wikariuszy 35 lat. Najdłużej na terenie dekanatu (od czerwca 1971 r.) przebywa ks. dziekan Czesław Żyła. Spośród aktualnych proboszczów pracujących w dekanacie najdłużej (od 1992 r.) swą funkcję pełni ks. kan. Stanisław Wawrzyniak, budowniczy kościoła Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Nowym Dworze Mazowieckim.

Ze wspomnień księdza dziekana

Ks. prał. Czesław Żyła dobrze pamięta czasy, gdy dekanat nowodworski był bardzo rozległy i obejmował m.in. Legionowo. - Wtedy było dużo pracy, zwłaszcza że w dekanacie nie było wicedziekana - wspomina dzisiaj. A czasy nie były łatwe. Gdy w 1971 r. przyjechał do Nowego Dworu Mazowieckiego, ówczesne władze komunistyczne nie chciały go zatwierdzić na stanowisku proboszcza. Była to prymitywna reakcja władz na wcześniejsze zaangażowanie ks. Żyły. Gdy był jeszcze wikariuszem w parafii św. Katarzyny na Służewie, podczas procesji w dniu Wszystkich Świętych wspomniał o więźniach politycznych skazanych na śmierć i grzebanych tu potajemnie przez UB. Reakcja była natychmiastowa - następnego dnia był przez trzy godziny przesłuchiwany na Rakowieckiej. Gdy był wikariuszem w parafii św. Barbary przyczyną szykan okazał się... zakup przeźroczy o treści religijnej i ich publiczna projekcja.
Był więc na początku w Nowym Dworze Mazowieckim wikariuszem-ekonomem. Szybko zorientował się, że jest wiele do zrobienia, że Nowy Dwór rozrasta się, przybywa mieszkańców i domów. Zorganizował misje święte, rozpoczął budowę plebanii. Gdy przystąpił do uporządkowania kościelnego terenu, i usunął z centrum miasta obory, sprowadził sprzęt i maszyny, władze zareagowały szykanami i karami. - Było wiele momentów trudnych, kpin i upokorzeń, ale moc przychodziła od ludzi, którzy bardzo pomagali - mówi. Pomagali nawet wojskowi, którym nie wolno było pokazywać się mundurach w kościele. (Dla dzieci z rodzin wojskowych organizował katechizację, niejednemu wojskowemu asystował późną nocą przy ślubie kościelnym). Wielką pomocą była zachęta ze strony kard. Stefana Wyszyńskiego, który okazywał mi wielkie zaufanie - podkreśla Ksiądz Dziekan.
Dlatego udało się faktycznie wybudować nowy kościół, a później skutecznie zainicjować działania, które doprowadziły do powstania drugiej w Nowym Dworze parafii, a także parafii w Janówku.
Ks. Żyła liczył się z tym, że w Janówku trzeba będzie przynajmniej postawić kaplicę. - Msze św. odprawiane były w remizie strażackiej i ludzie coraz bardziej dojrzewali do tego, że muszą mieć dom Boży z prawdziwego zdarzenia. I oto na początku lat dziewięćdziesiątych znalazła się fundatorka kościoła, Regina Korczyńska. Miejscowi wierni dołożyli się do fundacji i tak powstała świątynia św. Bartłomieja - mówi ks. Żyła. Pierwszym proboszczem i budowniczym kościoła był ks. kan. Krzysztof Czyżyk. Niedawno parafia sprowadziła relikwie swego Patrona. - Dziś rozwija się tu pięknie duszpasterstwo, a proboszcz ks. Jan Gołembiewski dba zarówno o wygląd kościoła jak i poziom duszpasterstwa - podkreśla Ksiądz Dziekan.

Wspólnoty i nie tylko

Przed II wojną światową Nowy Dwór Mazowiecki skupiał wiernych czterech wyznań: mojżeszowego, katolickiego, protestanckiego i prawosławnego. Było bardzo dużo wojska i ludności napływowej. Dziś nie ma już takiego zróżnicowania religijnego, a o wojsku, jak również o wielkich zakładach przemysłowych, pozostało wspomnienie. Bezrobocie jest duże, choć mieszkańcy ratują się jak mogą, np. w okresie letnim zbierając owoce w niedalekim Zakroczymiu.
Dla ludzi pozbawionych pracy organizowana jest pomoc charytatywna. W parafii dziekańskiej aktywne jest w tej dziedzinie zwłaszcza Stowarzyszenie Brata Alberta.
Aktywna jest także licząca 70-80 osób Wspólnota Niepełnosprawnych. Gromadzi ona niepełnosprawnych (przede wszystkim ruchowo) nie tylko z Nowego Dworu Mazowieckiego, ale także z powiatu.
W parafii dziekańskiej działa także Dzieło Intronizacji Najświętszego Serca Pana Jezusa Króla Wszechświata Pana Jezusa. Jest liczący się chór "Soli Deo", który stara się nawiązywać do wspaniałych tradycji nowodworskiego chóru działającego w parafii przed wojną. Chórzyści śpiewali Ojcu Świętemu podczas audiencji w 10. rocznicę pontyfikatu.
Żywy jest kult maryjny, a we wszystkich parafiach dekanatu są kółka różańcowe, odmawiane nowenny do Matki Bożej.
Towarzyszący Księdzu Dziekanowi proboszcz ks. Andrzej Dusza mówi: - Nabożeństwa fatimskie w parafii św. Michała Archanioła pielęgnuje grupa Różańca fatimskiego. Niedawno powstała grupa czcicieli Niepokalanego Serca Maryi. Inni wierni pielgrzymują nocą do Niepokalanowa. Ostatnio zorganizowała się grupa chętnych do modlitwy w intencji kapłanów. To są wszystko inicjatywy oddolne - podkreśla nowodworski Proboszcz.