Pierwszy biskup diecezji częstochowskiej utworzył seminarium duchowne w Krakowie, przyłączając je do Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. 2 października 1926 r. pierwsi klerycy rozpoczęli studia na Uniwersytecie Jagiellońskim. Mieszkali w klasztorze Ojców Bernardynów w Krakowie. W chwili otwarcia seminarium liczyło 32 alumnów na trzech kursach (I-III).

Ze składek wiernych i duchowieństwa diecezji wybudowano w latach 1928-30 gmach seminaryjny przy ul. Bernardyńskiej 3 w Krakowie. W 1930 r. zamieszkali w nim już klerycy. Uroczystego poświęcenia budynku seminaryjnego dokonał metropolita krakowski Adam Stefan Sapieha 6 października 1930 r.

Własny dom

Budowa gmachu seminarium bardzo mocno leżała na sercu pierwszemu biskupowi częstochowskiemu. „Ogromna troska niepokoi mnie dniem i nocą. Bo otóż koniecznie tego roku muszę budować seminarium duchowne” – napisał bp Kubina w odezwie do diecezjan dotyczącej tej sprawy, 28 marca 1928 r. Odezwę swojego biskupa opublikował również Tygodnik Katolicki Niedziela. „Chcąc iść śladami Boskiego Mistrza, chcąc sumiennie spełnić zadanie przez Niego mi powierzone, i ja jako biskup i pasterz diecezji częstochowskiej sprawę wychowania dostatecznej ilości duszpasterzy muszę uważać za najpilniejszą i najważniejszą. Toteż Seminarium Duchowne, które właśnie ma ten wzniosły cel, musi być tak drogie jak źrenica oka mego. A ponieważ sprawa biskupa jest sprawą wszystkich wiernych – bo tworzymy jedną duchową rodzinę – i dla Was Seminarium Duchowne powinno stanowić przedmiot serdecznej troski” – kontynuował bp Kubina.

Pasterz diecezji poinformował, że w celu budowy gmachu seminarium zakupił plac za 150 000 zł, i że ta wielka suma stanowiła resztę tego, co na potrzeby diecezji ofiarowali rodacy z Ameryki. Gdy biskup zwracał się do diecezjan, liczba alumnów, którzy mieszkali w klasztorze Ojców Bernardynów zbliżała się do 120. Dlatego „sprawa budowy seminarium duchownego (...) powinna stać się głównym hasłem naszej pracy diecezjalnej. (...) Każdy katolik powinien stać się kwestarzem dla wielkiego tego dzieła” – zaapelował.

Rektor

Biskup Kubina mianował w 1926 r. ks. Karola Makowskiego pierwszym rektorem Częstochowskiego Wyższego Seminarium Duchownego w Krakowie. „Był to wybór ze wszech miar szczęśliwy, jak o tem świadczy dotychczasowa historia seminarium. Znamienną cechą ks. dr. Makowskiego było oddanie się podjętej raz pracy z całą energią i zapomnieniem o sobie. I tej to energii zawdzięczać należy piękny rozwój seminarium” – napisała Niedziela w sierpniu 1936 r., z racji śmierci ks. Makowskiego.

Jako rektor seminarium w oczach swoich wychowanków był człowiekiem wielkiej pokory. „Skromny, ach jakże niezmiernie skromny pokoik, stanowiący przez 4 lata całe mieszkanie Kierownika Seminarium, po dziś dzień tkwi w naszej pamięci, jako na długie lata dowód wyrzeczenia się osobistego, byleby tylko swoim wychowankom zapewnić znośne warunki pobytu w Seminarium” – napisał wychowanek ks. Makowskiego.