Już w tych wczesnych latach chłopiec postanowił, że zostanie księdzem – na razie były to dziecinne motywacje, które – jak się okazało – znalazły spełnienie w przyszłości. W 1850 r. rodzice postanowili oddać Józefa na nauki do rzeszowskiego gimnazjum, gdzie szybko zaskarbił sobie przyjaźń kolegów i profesorów. O czym marzył? Zwierzył się kiedyś swemu katechecie ks. Feliksowi Dymnickiemu: „Pragnę zostać wielkim człowiekiem”. Jako rzeszowski gimnazjalista uczestniczył w uroczystym obchodzie setnej rocznicy konsekracji cudownego obrazu Najświętszej Maryi Panny u Ojców Bernardynów. Aby zobaczyć wspaniałą procesję, której przewodniczył ówczesny biskup przemyski Franciszek Ksawery Wierzchleyski, chłopcy wdrapali się na płot, który załamał się i uczniowie pospadali tuż pod nogi dostojnego celebransa.

W 1850 r. i 1852 r., jako uczeń rzeszowskich szkół, Pelczar witał przejeżdżającego tędy cesarza Franciszka Józefa, głośno krzycząc: „Wiwat” wraz z kolegą Staszkiem Madejskim, który wiele lat później został w austriackim rządzie ministrem oświaty. Pelczar był jednym z najlepszych uczniów w szkole, a wszystko to – jak sam później przyznał – zawdzięczał „opiece Matki Bożej Rzeszowskiej u Ojców Bernardynów, przed której statuą nie raz się modlił”.

W latach 1877-99 Józef Sebastian Pelczar był profesorem teologii na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie. Po śmierci kard. Jana Puzyny był jednym z kandydatów na arcybiskupa krakowskiego. W 1894 r. założył w Krakowie zgromadzenie Sióstr Sercanek, które miały opiekować się dziewczętami oraz chorymi i ubogimi. O założeniu zgromadzenia biskup powiedział: „Niech mi Bóg przebaczy tę śmiałość, bo dotąd założycielami zakonów byli ludzie święci, ale to mnie trochę wymawia, że w okolicznościach dziwnie się układających widziałem wskazówkę woli Bożej”. W 1901 r. został biskupem przemyskim.

Biskup Pelczar zmarł w marcu 1924 r. w kościele podczas odmawiania Litanii do Najświętszego Serca Jezusowego ze słowami na ustach: „Przyjdź, Panie Jezu. Przyjdź, Zbawienie moje”. Pochowany został w Przemyślu – najpierw w kościele Serca Jezusowego, a następnie w archikatedrze. W 2003 r. papież Jan Paweł II ogłosił go świętym. Święty Józef Sebastian Pelczar jest patronem diecezji rzeszowskiej.