Imię wielkiego rodaka Publicznej Szkole Podstawowej w Pysznicy nadano Uchwałą Rady Gminy w Pysznicy 25 lutego 1999 r. Inicjatorką przedsięwzięcia była ówczesna dyrektor szkoły Ludwika Błażejowicz. Tablicę upamiętniającą nadanie szkole imienia poświęcił Ojciec Święty podczas wizyty apostolskiej w Sandomierzu 12 czerwca 1999 r., którą 19 czerwca odsłonił ówczesny ordynariusz diecezji sandomierskiej bp Wacław Świerzawski.

Szkoła, wzbogacając ciągły proces wychowania o wartości płynące z depozytu wiary, przyjęła misję: „Budować fundamenty pod ich przyszłe życie”. Przesłanie zaczerpnięto z homilii wygłoszonej przez Jana Pawła II 14 czerwca 1999 r. w Łowiczu.

Społeczność szkolna, należąc do Ogólnopolskiej Rodziny Szkół im. Jana Pawła II, uczestniczy w Ogólnopolskich Pielgrzymkach Rodziny Szkół im. Jana Pawła II na Jasną Górę. Dołączyła również do grupy współinicjatorów utworzenia Sandomierskiej Rodziny Szkół imienia Jana Pawła II, aktywnie uczestnicząc w realizacji corocznego programu tejże grupy. Od 2001 r. jest inicjatorem integracji szkół, noszących imię świętego w diecezji sandomierskiej, przez organizację corocznego Przeglądu Twórczości Dzieci i Młodzieży, który od 2008 r. ma zasięg międzywojewódzki.

W szkole organizowanie są konkursy związane z kultywowaniem tradycji ludowej i twórczości regionalnej towarzyszącej obchodom świąt kościelnych oraz nawiązujące do pracy i osoby patrona, do rocznic i wydarzeń wielkiego pontyfikatu. W związku z tym opracowano i wydano 24 antologie prac plastycznych i literackich dzieci oraz młodzieży.

W kalendarz imprez szkolnych na stałe wpisały się uroczystości związane z rocznicą urodzin św. Jana Pawła II, z rocznicą jego kanonizacji oraz statutowe Święto Szkoły przypadające na dzień 16 października.

1 września 2010 r. w hołdzie wielkiemu rodakowi oraz dla upamiętnienia otwarcia nowego obiektu szkolnego i nadania Gimnazjum Publicznemu w Pysznicy imienia Jana Pawła II poświęcono pomnik świętego i sztandar. 18 maja 2011 r. otwarto salę Jana Pawła II. Pierwszą część ekspozycji stanowią plansze wypełnione treściami związanymi z dziełem życia i nauczaniem wielkiego Polaka. W drugiej części rozmieszczono informacje i fotografie świadczące o „wzrastaniu” z patronem od 1999 r. Ekspozycję zamykają „ślady obecności” – osobiste pamiątki nauczycieli, uczniów, osób związanych ze szkołą, którzy „poczuli dotyk” Jana Pawła II, ten dosłowny – przez osobisty kontakt i ten wyrażony przez różnorodne inicjatywy i działania.

W czerwcu 2019 r. szkoła świętowała 20-lecie nadania imienia Jana Pawła II. Z tej okazji podczas uroczystego koncertu absolwenci, dzieląc się swoimi przemyśleniami i twórczymi refleksjami, raz jeszcze sięgnęli do osobistych wspomnień i poetyckich wypowiedzi z lat szkolnych.

W związku z ustanowieniem przez Sejm roku 2020 Rokiem Świętego Jana Pawła II oraz obchodami stulecia urodzin patrona szkoły na maj br. zaplanowany został uroczysty koncert dla społeczności lokalnej, który – z wiadomych względów – nie odbył się. W ciągu roku szkolnego rozpoczęto realizację różnorodnych inicjatywy klasowych, konkursów szkolnych oraz przygotowania do udziału w konkursach ogłoszonych przez Ogólnopolską Rodzinę Szkół im. Jana Pawła II. Zwieńczeniem obchodów Roku Świętego Jana Pawła II będzie organizacja Jubileuszowego XX Międzywojewódzkiego Przeglądu Twórczości Dzieci i Młodzieży pod hasłem: „Przyszłość jest w waszych sercach i rękach” – zgodnie z przesłaniem Jana Pawła II, które skierował do młodzieży podczas Światowych Dni Młodzieży w Toronto.