Dzieje św. Piotra i jego ziemskich szczątków są pełne tajemnic. Zmierzył się z nimi Paweł Lisicki w książce „Grób rybaka”, ale zaznaczył, że dowody przedstawione w relacji z jego reportersko-intelektualnego śledztwa mają charakter poszlakowy. Nie wiemy, jak długo i kiedy Piotr przebywał w Rzymie, wiemy, kiedy zginął śmiercią męczeńską – w 64 r. lub nieco później. Pochowany został – jak chciała chrześcijańska tradycja – w miejscu, gdzie kilka wieków później zbudowano kościół.

Pierwsze wątpliwości co do pochówku św. Piotra pojawiły się w XII wieku; wskazywano, że na temat losów Apostoła nie ma jednoznacznego świadectwa w Piśmie. Papieże nie godzili się na poszukiwania jego kości w podziemiach bazyliki przez całe stulecia. Zgodził się dopiero Pius XII w 1939 r. Choć szczątki Piotra odkryto już w 1941 r., minęło sporo czasu, zanim poddano je badaniom i odcyfrowano napisy, które miały wskazać miejsce spoczynku Apostoła.

Ostatecznie prof. Margherita Guarducci w 1963 r. potwierdziła, że znalezione kości pochodzą z I wieku naszej ery i należą do mocno zbudowanego mężczyzny, który gdy zginął, miał 65-70 lat – co odpowiada wyglądowi i wiekowi św. Piotra. Dziewięć fragmentów kości trafiło jako relikwie do papieskich apartamentów. Stuprocentowej pewności, że odnalezione kości należą właśnie do św. Piotra – wszak minęło 20 wieków od jego śmierci – nie ma, jednak przemawiają za tym wszystkie zebrane i cytowane przez Lisickiego w książce dowody.