W procesie kształtowania przyszłych kapłanów najważniejsza jest formacja duchowa, czyli wychowanie ku pełni życia chrześcijańskiego, wyrażającego się w rozwoju żywej wiary, niezłomnej nadziei i ofiarnej miłości. We wspólnocie Ludu Bożego kapłan jest szczególnie powołany do świętości życia chrześcijańskiego, zobowiązany do zdobywania doskonałości i świętości życia. Doskonałość i świętość kapłańska to przede wszystkim podobieństwo do doskonałości i świętości Jezusa Chrystusa Głowy i Pasterza Kościoła.
Jan Paweł II w Pastores dabo vobis pisze: "Istotną treść formacji duchowej, która stanowi część programu przygotowującego do kapłaństwa, trafnie i w pewnym sensie wyczerpująco ujmuje soborowy dekret Optatam totius: "Formacja duchowa (...) powinna być tak prowadzona, aby alumni nauczyli się żyć w zażyłej i nieustannej łączności z Ojcem przez Syna Jego Jezusa Chrystusa w Duchu Świętym. Mając przez święcenia upodobnić się do Chrystusa Kapłana, niech także trybem całego życia przyzwyczajają się przylgnąć do Niego najserdeczniej jako przyjaciele. Paschalną Jego tajemnicę niech tak przeżywają, aby umieli wtajemniczać w nią lud, który ma być im powierzony. Niech nauczą się szukać Chrystusa w wiernym rozważaniu Słowa Bożego, w czynnym uczestnictwie w świętych tajemnicach Kościoła, a przede wszystkim w Eucharystii i w modlitwie brewiarzowej; niech Go szukają w biskupie, który ich posyła, i w ludziach, do których są posyłani, szczególnie w biednych, maluczkich, chorych, grzesznikach i niewierzących." (DFK 8)
Formacja duchowa w seminarium zmierza do podporządkowania całego życia kapłańskiego Duchowi Świętemu w postawie synowskiego oddania względem Ojca i "ufnego przywiązania do Kościoła" (PDV45).
Alumni pogłębiają życie duchowe przez zdrową pobożność, opartą na Piśmie Świętym oraz na gruntownej wiedzy teologicznej, a także przez dobre postępowanie moralne, praktykę cnót i zaangażowanie apostolskie. (por. DFK; RFIS VIII)
Niezbędnym elementem formacji duchowej jest wychowanie liturgiczne, które prowadzi do postawy wdzięczności, ofiarności, miłości, pragnienia kontemplacji i adoracji Chrystusa. Realizuje się to w Eucharystii.
Właśnie codzienna Msza św. i Komunia św. jest ośrodkiem i źródłem pobożności alumna i przyszłego kapłana. Wszyscy alumni uczestniczą w codziennej Mszy św., która najpełniej wyraża i urzeczywistnia autentyczną wspólnotę seminaryjną. We wspomnianej adhortacji apostolskiej o formacji kapłańskiej Pastores dabo vobis Jan Paweł II pisze: "Potrzeba zatem, by seminarzyści każdego dnia uczestniczyli w Eucharystii i by to codzienne sprawowanie sakramentu stało się później regułą ich kapłańskiego życia. Należy ponadto tak ich wychowywać, aby Eucharystia była dla nich najważniejszym wydarzeniem dnia, by umieli w niej aktywnie uczestniczyć, nie ograniczając się nigdy do samej rutyny (...) trzeba kształtować u kandydatów do kapłaństwa wewnętrzne postawy, dla których oparciem jest Eucharystia: wdzięczność za dobrodziejstwa otrzymane z góry, jako że Eucharystia oznacza ofiarę dziękczynną; postawę ofiarności, która każe łączyć własną osobistą ofiarę z eucharystyczną ofiarą Chrystusa; miłość, umacnianą przez sakrament, który jest znakiem jedności i dzielenia się z innymi; pragnienie kontemplacji i adoracji Chrystusa realnie obecnego pod eucharystycznymi postaciami". (PDV 48)
Bardzo ważnym środkiem wyrobienia wewnętrznego i formacji moralnej jest sakrament pokuty i pojednania, z którego alumni korzystają często i regularnie. Częsta, dobrze przeżywana spowiedź prowadzi do odnowienia poczucia realności grzechu i do spotkania z Bogiem pełnym miłosierdzia. Sakrament pokuty uczy również sensu krzyża.
Formacja duchowa alumna - przyszłego kapłana dokonuje się poprzez:

A. Codzienne wspólne praktyki religijne:
a. modlitwy poranne
b. rozmyślanie,
c. uczestnictwo we Mszy św. d. szczegółowy rachunek sumienia,
e. Anioł Pański,
f. nawiedzenia Najświętszego Sakramentu po obiedzie i kolacji,
g. modlitwy wieczorne z ogólnym rachunkiem sumienia.

B. Codzienne prywatne praktyki religijne:
a. czytanie duchowne i lektura Pisma Świętego przez pół godziny,
b. cząstka Różańca św. i litania do Najświętszej Maryi Panny,
c. nawiedzenie Najświętszego Sakramentu po śniadaniu i podwieczorku

C. Tygodniowe praktyki pobożne:
a. Nieszpory niedzielne i świąteczne,
b. wspólna modlitwa Liturgii Godzin w ustalone dni,
c. czwartkowa i sobotnia adoracja Najświętszego Sakramentu,
d. środowa celebracja sakramentu pokuty i pojednania,
e. konferencje ascetyczne ojca duchownego,
f. czwartkowa jutrznia lub nabożeństwo Słowa Bożego.

D. Okresowe praktyki religijne:
a. nabożeństwa wielkopostne (Gorzkie Żale i Droga Krzyżowa),
b. nabożeństwa majowe, czerwcowe i październikowe,
c. nowenny przed ważniejszymi uroczystościami,
d. okolicznościowe nabożeństwa w katedrze,
e. miesięczne dni skupienia,
f. rekolekcje na początku roku akademickiego, w Wielkim Poście, przed przyjęciem posług i święceń.

E. Posługi i Święcenia
a. obłóczyny - alumni roku III w uroczystość Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny,
b. posługa lektoratu - alumni roku III po rekolekcjach wielkopostnych,
c. posługa akolitatu - alumni po ukończeniu IV roku studiów,
d. kandydatura do diakonatu i prezbiteratu - alumni V roku studiów po rekolekcjach na rozpoczęcie roku akademickiego,
e. święcenia diakonatu - alumni po ukończeniu V roku studiów,
f. święcenia prezbiteratu - alumni po ukończeniu VI roku studiów i uzyskaniu stopnia magistra św. teologii.

Alumni uczestniczą w organizowanych Pielgrzymkach do Częstochowy, a także do sanktuariów naszej diecezji: Matki Bożej Łaskawej w Krzeszowie i do Sanktuarium św. Jadwigi w Legnickim Polu. Odbywają też rekolekcje przed święceniami w Domu Rekolekcyjnym WSD w Szklarskiej Porębie.
Trzeba podkreślić istotne znaczenie modlitwy osobistej i prywatnych praktyk pobożnościowych, które wyniesione z domu rodzinnego znajdują swoją kontynuację w Seminarium.
Formacja duchowa domaga się od przyszłego kapłana obok wspólnotowych i obowiązkowych praktyk pobożnościowych przede wszystkim osobistego zaangażowania w dzieło formacji kapłańskiej.