Jako patrona św. Tomasza Apostoła miasto Zamość otrzymało w swoim herbie nadanym przywilejem królewskim z 12 czerwca 1580 r. „Temu to miastu wyznaczamy jako znak publiczny, którym się miasto i jego władze mają posługiwać w pieczętowaniu dokumentów i jakichkolwiek aktów, wyobrażenie św. Tomasza z dzidą i ten to herb, czyli znak pieczętny chcemy, by służył temu miastu na wieki” – oznajmiał przywilej Stefana Batorego. Zgodnie z intencją Jana Zamoyskiego, w herbie znalazł się patron rodu oraz godło rodowe Zamoyskich – Jelita (trzy skrzyżowane włócznie). 28 sierpnia 1995 r. ustalono obecnie obowiązujący wygląd herbu Zamościa, który przedstawia w polu czerwonym postać św. Tomasza (mężczyzna w sandałach) ze złotą aureolą, w białej tunice i błękitnej todze, z włócznią złotą o srebrnym grocie w prawej dłoni, czerwoną księgą o złotych kartkach w lewej i u dołu na tle tuniki tarczą z herbem Jelita.

Postać św. Tomasza dotykająca ran Zmartwychwstałego Chrystusa znajduje się nad głównym (zachodnim) wejściem do katedry. Po wstąpieniu do świątyni, unosząc wzrok i spoglądając na belkowanie łączące nawę główną z prezbiterium, odnajdziemy słowa związane z patronem. Hetman Jan Zamoyski polecił umieścić napis łaciński: „DOMINA MEA VIRGO DEIGENITRIX IN COELUM ASSUMPTA EST” (Pani Moja Bogurodzica Dziewica Wniebowzięta/Jest wzięta do nieba). Miał je wypowiedzieć Tomasz po otrzymaniu paska z sukni Maryi i dopiero wtedy uwierzyć w Jej Wniebowzięcie.

Świadek zmartwychwstania

Postać świętego, świadka Zmartwychwstania Pańskiego znajdowała się w pierwszym ołtarzu manierystycznym wykonanym z drewna w l. 1635-37 przez F. Mollera z Gdańska. Od 1797 r. ołtarz znajduje się w kościele w Tarnogrodzie, a wraz z nim obrazy zamówione w 1602 r. przez Jana Zamoyskiego u malarza weneckiego Domenica Tintoretta (św. Jan Chrzciciel i św. Jan Ewangelista). Centralny obraz ze św. Tomaszem zaginął.

Obecny, późnobarokowy ołtarz z II połowy XVIII wieku, zastąpił pierwszy. Znajdują się przy nim cztery kolumny, pomiędzy dwiema środkowymi umieszczony jest główny obraz, przedstawiający także św. Tomasza Apostoła w białej tunice i niebieskiej todze, przepasanego ciemnozłotym pasem, klęczącego przed zmartwychwstałym Jezusem. Postać Chrystusa przedstawiona jest z odkrytym brzuchem i torsem. Trzyma podniesione ku górze ręce na wysokości ramion. Przepasany jest na prawym ramieniu i w dolnej części ciała czerwoną togą oraz białą tuniką opuszczoną na biodra. Chrystus stoi na schodku. Głowę Jego okala jasność. Św. Tomasz dotyka palcem wskazującym lub także serdecznym rany na prawym boku Jezusa. W tle za Chrystusem ledwo widoczna rama framugi drzwiowej. Nad postaciami w górnym lewym rogu rozwiana krótka ciemnoniebieska kotara lub zasłona drzwiowa. Obok stóp Tomasza otwarta księga. Twarz Chrystusa spokojna, z zamkniętymi oczami. Na niej broda i wąsy oraz krótkie włosy na głowie. Twarz Tomasza lekko uśmiechnięta. Włosy, broda i wąsy siwe, krótkie.

Na ścianach prezbiterium znajdują się cztery duże obrazy, przedstawiające sceny z życia św. Tomasza. Namalowane ok. 1627 r. prawdopodobnie przez Jana Kasińskiego, ucznia Tomasza Dolabella z fundacji Tomasza Zamoyskiego. Pierwszy przedstawia Chrystusa wśród Apostołów po Ostatniej Wieczerzy, drugi Jezusa dowiadującego się o śmierci Łazarza. Na obu Chrystus jest w centralnej części obrazu, ale – co ważne – znajduje się w dialogu ze św. Tomaszem, który swoje wątpliwości podkreśla w geście bezradnie rozłożonych rąk. Jest sceptyczny. Kolejne dwa obrazy przedstawiają działalność apostolską św. Tomasza, kiedy naucza Hindusów (pogan w Indiach) oraz gdy ginie z ich rąk przebijany przy ołtarzu trzema włóczniami, co jest nawiązaniem do herbu Jelita Zamoyskich i postaci wspomnianego Floriana Szarego, protoplasty rodu, który w bitwie pod Płowcami w taki sam sposób został zraniony. Obrazy te odznaczają się cechami weneckiej szkoły manierystycznej.

Relikwie św. Tomasza

Wiemy, że relikwie św. Tomasza w 232 r. przewieziono z Indii, gdzie Apostoł zginął, do Edessy w Turcji. Następnie w końcu XII wieku na wyspę Chios. Genueński kupiec Leon Acciaiuoli przywiózł je do Ortony 6 września 1258 r. Spoczęły w kościele Najświętszej Marii Królowej. Turcy podczas jednego z najazdów zbezcześcili grób świętego, ale relikwie zostały uratowane przez kapłanów.

Założyciel Zamościa i fundator kolegiaty Jan Zamoyski sprowadził w 1589 r. dla zamojskiej świątyni relikwie św. Tomasza Apostoła – patrona rodu, miasta i kościoła. Otrzymał je od papieża Sykstusa V (1521-1590). Są to relikwie pierwszego rzędu – fragment kości (nie ustalono jaki). Przetrzymywane są w relikwiarzu z kryształu górskiego, typu puszkowego pochodzącym z ok. 1600 r. fundacji Jana Zamoyskiego. Na szczycie postać w bordowym stroju wysadzanym kamieniami takiego samego koloru. Prawą rękę trzyma podniesioną w geście błogosławieństwa, w lewej złota kula. Nad głową aureola. Postać stoi w złotym kielichu z bordowymi kamieniami. Pod nim w krysztale zatopiona relikwia. Wokół niego otaczający pierścień, na którym wyryto słowa wypowiedziane przez Apostoła w Wieczerniku: „PAN MOY Y BOG MOY” (Pan mój i Bóg mój). Rękojeść relikwiarza jest z kryształu, w górnej części ozłocona ze zdobniczymi elementami roślinnymi i wysadzona kamieniami w kolorze bordowym. Podstawa złota, także z elementami roślinnymi wyłożonymi bordowymi i białymi kamieniami. Prośbą zawartą w testamencie przez Jana Zamoyskiego było to, by w jednym relikwiarzu znalazły się relikwie zarówno św. Tomasza (z jednej strony), a z drugiej rąbek szaty Najświętszej Maryi Panny. Relikwia patrona szczególnie czczona była przez Tomasza Zamoyskiego (syna Jana), który pod koniec życia zabrał ją do pałacu i do kolegiaty wróciła blisko wiek później. Od 1715 r. obchodzono doroczną uroczystość relikwii, wystawiając je (m.in. relikwie św. Tomasza) w ołtarzu głównym i obnosząc w procesji.