Już od najmłodszych lat Jan Papczyński zadziwiał otoczenie swoją głęboką wiarą i bogatą duchowością. Dzielił się wszystkim, co posiadał z innymi rówieśnikami, przynosząc ubogim jedzenie i ubrania. W 1646 r. Jan pochodzący z Sądeczczyzny uczył się w kolegium jezuickim w Jarosławiu, choć matka jego obawiając się o wątłe zdrowie syna nie bardzo była zadowolona z faktu, że Jan opuszcza rodzinny dom, ewentualnie nie uczy się w Sączu u norbertanów.

W Jarosławiu przyszły święty zadziwił nauczycieli swoją skromnością i świątobliwością. Kiedy profesorowie z kolegium jarosławskiego stawiali go za wzór do naśladowania, wielu kolegów – zwłaszcza szlacheckich synów – było najzwyczajniej zazdrosnych, więc dokuczali mu w szkole. Jego wielka cześć do Maryi kształtowała się na modlitwie i rozmyślaniach przed wizerunkiem Piety w jarosławskim sanktuarium „na Polu”. Jego biografowie podkreślali, że młody student gotów był „na każdą godzinę” padać na kolana (choćby zegar uderzał w nocy) i odmawiać „Zdrowaś Mario”. Imieniem Maryi rozpoczynał i kończył każdy swój dzień, zalecając to w późniejszych latach swoim współbraciom zakonnym.

W 22. roku życia postanowił wstąpić do Zakonu Pijarów do Podolińca, wcześniej rozczarowując swoich rodziców odrzuceniem matrymonialnej propozycji jednej z majętnych dziewcząt, którą próbowano wydać za niego za mąż. W 1653 r. wstąpił do klasztoru w Podolińcu. W zakonie przyjął imię Stanisław od Jezusa i Maryi. Jego nowicjat przypadł na trudne lata potopu szwedzkiego. Podczas najazdu na klasztor Szwedów miał Papczyński przed jednym z luterańskich żołnierzy bronić tajemnicy Eucharystii oraz czci Najświętszej Maryi Panny. Rozgniewany Szwed dobył miecza, zaś brat Stanisław położył pokornie swoją głowę pod miecz oprawcy, w duchu ciesząc się, że za tajemnice wiary odda swoje życie. To pohamowało gniew Szweda.

Lubił uładać kwiaty

Po nowicjacie przełożeni wysłali Stanisława od Jezusa i Maryi Papczyńskiego jako nauczyciela i kaznodzieję do kolegium w Rzeszowie. Od 1660 wykładał retorykę, zaś w 1661 przyjął święcenia diakonatu z rąk biskupa przemyskiego Stanisława Sarnowskiego, a następnie święcenia kapłańskie w kolegiacie w Brzozowie. W Brzozowie mieściła się bowiem druga rezydencja biskupów przemyskich. Cieszył się w Rzeszowie wielką sympatią uczniów za swoje porywające wykłady i braterską ku nim miłość. Choć pełnił funkcje profesorskie, najchętniej pomagał zakrystianinowi układać ...kwiaty w pijarskim kościele, a szczególną radość przynosiło mu patrzenie na cudowne kwiaty przed Najświętszym Sakramentem, zazdroszcząc im ponoć, że stoją tak blisko Boga. Ludzie przychodzili specjalnie na odprawiane przez niego Msze święte, ponieważ rozeszła się wieść, że kiedy modlił się za zmarłych korporał zraszany był cieknącymi obficie po jego policzkach łzami, dlatego nazywano go apostołem dusz czyśćcowych. Jego zbiór homilii miał aż cztery wydania i cieszył się wielką poczytnością.

Król widziany po śmierci

Św. Stanisław Papczyński zyskał także sławę doskonałego kaznodziei – jego nauk słuchał nuncjusz apostolski Pignatelli – późniejszy papież Innocenty XII, a także król Jan III Sobieski.

Papczyński, obserwując wielu współbraci, doszedł do wniosku, że niektórzy z pijarów odstąpili od pierwotnej gorliwości w zachowywaniu ślubów i poświęcali się mało ważnym sprawom doczesnym. Jego bogate życie duchowe i wielka indywidualność zaprowadziły do założenia nowego zgromadzenia zakonnego. Miało być ono poświęcone przede wszystkim szerzeniu kultu Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Pod koniec 1670 r. Papczyński opuścił Zakon Pijarów zgodnie z uzyskaną dyspensą papieską i ofiarował siebie na służbę Bogu i Maryi Niepokalanej, przyrzekając zarazem uroczyście zachowanie ślubów zakonnych w „Towarzystwie Księży Marianów Niepokalanego Poczęcia”, które „z Bożej łaski” pragnie założyć. Przywdział biały habit, który symbolizował nieskalaną czystość Maryi. Początkowo stał się kapłanem diecezjalnym, opiekując się Arcybractwem Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny w jednym z krakowskich kościołów. Towarzyszył królowi Janowi III Sobieskiemu pod Wiedniem (1683).

Jak notowały osiemnastowieczne źródła jednych wspierał modlitwami, innym pomagał zbawiennymi radami, wielu chorych dzięki jego modlitwom powracało do dawnego zdrowia; wskutek tego przez wszystkich dookoła był ogłaszany za świętego. Co więcej niejaka waćpanna Katarzyna Żebrowska zaświadczała że „często widziany był od posłańców od ziemi więcej niż na łokieć podniesiony”. Papczyński – jak opisywał jeden z osiemnastowiecznych franciszkanów – miał ponoć wizję pośmiertną samego króla Jana III Sobieskiego: Podczas modlitwy w kościele oznajmił braciom – „Módlmy się wspólnie za duszę, która w tej chwili jest sądzona”. Miał to być Król Jan III, który w tym samym czasie skonał w Warszawie.