W czasie niepokoju, jaki panował w Polsce w latach 1861-64, na Stolicy Piotrowej w Rzymie zasiadał papież Pius IX, dla którego sprawa Polski nie była obojętna. Wypadki, jakie miały miejsce w 1861 r. w Warszawie, w oczach Papieża zapowiadały rewolucję, a przecież Stolica Apostolska nie mogła pozostawać bierna wobec żadnej rewolucji. Pius IX, choć darzył Polskę sympatią, ze smutkiem stwierdził w 1861 r., że "Polacy szukają przede wszystkim Polski, a nie królestwa Bożego, i dlatego tej Polski nie mają".
W liście do abp. Fijałkowskiego z 6 stycznia 1861 r. Papież piętnował wszelkie knowania rewolucyjne, które mogły stać się zagrożeniem dla wiary. Uważał również, że konieczne jest utwierdzanie w wierze, aby "zasłonić od zgubnych wstrząśnień podniecanych przez złych ludzi". Ambasador rosyjski w Rzymie Paweł Kisielew zażądał od Papieża, aby ten napominał Polaków śpiewających pieśni patriotyczne w kościołach. Pius IX jednakże kategorycznie odmówił.
Sytuacja panująca w Polsce bardzo martwiła Papieża. Przedstawiana przez Zgromadzenie Księży Zmartwychwstańców zapowiadała rychły wybuch rewolucji. Pius IX nosił się z zamiarem wydania dekretu przypominającego encyklikę Cum primum, wydaną przez papieża Grzegorza XVI w 1832 r. Myślał bowiem, że spełnia obowiązek udaremnienia katastrofy grożącej Kościołowi w Polsce. W miejsce papieskiej enuncjacji pojawił się list ks. Hieronima Kajsiewicza, który był nie na czasie i bardzo niezręczny. List ten zatytułowany Do braci kapłanów grzesznie spiskujących i braci szlachty nie mądrze umiarkowanej, choć zawierał trzeźwą ocenę panującej sytuacji, został jednak odczytany jako atak dywersji zarówno moralnej, jak i psychologicznej. Ukazał się bowiem w dzień po wybuchu powstania.
Z każdą chwilą trwania powstania Papież przekonywał się, że nawet rewolucja czy powstanie na terenie ziem polskich jest i musi być ostoją dla katolicyzmu, który był niszczony. Jednakże głównym i jedynym motywem wystąpień Papieża w sprawie Polski był motyw ratowania Kościoła. Zmuszony do trzymania się zasad legitymizmu nie mógł wspominać nic o sprawach narodowych naszego kraju, nawet gdyby uznał, że walczymy w słusznej sprawie. Nie szczędził też Pius IX wobec Polski gestów współczucia i przychylności. Tych naprawdę w Watykanie nie brakowało, czego przykładem mogą być zarządzone przez Papieża modlitwy za naród polski, które odbyły się we wrześniu 1863 r. W czasie trwania tych modlitw wyraźnie mówiono o posłannictwie narodu polskiego.
Aby zapobiec represjom grożącym polskiemu Kościołowi, Papież w czasie jednej z uroczystości w kwietniu 1864 r. powiedział, że rosyjski car ma prawo powstrzymać "niesprawiedliwy rokosz", ale nie wolno mu tego czynić kosztem ucisku religii.
Stosunek Piusa IX wobec Polaków oparty był na zasadach legitymizmu i nie różnił się w zasadzie od postawy jego poprzedników. Choć Papież uważał Polaków za naród grzeszący niesfornością, to jednak żywo i serdecznie okazywał wyrazy swojej sympatii i życzliwości w czasie ucisku. Nigdy też nie potępił udziału duchowieństwa w powstaniu ani w czasie jego trwania, ani po jego upadku, tak jak to uczynił Grzegorz XVI. Nie potępił, choć domagał się tego z całą konsekwencją rząd rosyjski.
30 lipca 1864 r. Papież wydał encyklikę Ubi Urbaniano, skierowaną do biskupów w Królestwie i cesarstwie rosyjskim. Duchowieństwo polskie wdzięczne było Papieżowi za tę encyklikę, gdyż była ona aktem uznania dla represjonowanych księży i pociechą dla prześladowanego społeczeństwa polskiego. Należy stwierdzić, że pontyfikat Piusa IX był czasem dużego zainteresowania Stolicy Apostolskiej sprawami polskimi. Ani wcześniej, ani później, aż do czasu odzyskania przez Polskę niepodległości, żaden papież nie poświęcał Polsce zbyt wiele uwagi.