Godzinę trwała kurtuazyjna wizyta Ojca Świętego w Pałacu Prezydenckim. Najważniejszym punktem była rozmowa w cztery oczy z Lechem Kaczyńskim.
Do siedziby głowy państwa Ojciec Święty przybył o godz. 17.45. Po drodze był witany przez licznie zgromadzonych wzdłuż ulic warszawiaków i pielgrzymów, mimo siąpiącego „bawarskiego” deszczu. Przed pałacem powitał go Lech Kaczyński z małżonką Marią. Ojcu Świętemu towarzyszyła świta papieska, licząca kilkanaście osób. Obecny był również Prymas Polski kard. Józef Glemp i metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz. Goście przeszli obok szpaleru żołnierzy ubranych w mundury z 1830 r.
W czasie, gdy w Sali Białej trwała 15-minutowa, zamknięta dla mediów, rozmowa Papieża i Prezydenta w cztery oczy, odbywało się także spotkanie premiera Kazimierza Marcinkiewicza z watykańskim sekretarzem stanu kard. Angelo Sodano. W tej rozmowie uczestniczyli także nuncjusz apostolski abp Józef Kowalczyk, minister spraw zagranicznych Anna Fotyga i ambasador Polski w Watykanie Hanna Suchocka.
Po rozmowie z Prezydentem Benedyktowi XVI została przedstawiona w Sali Roccoco rodzina Lecha Kaczyńskiego. Najpierw Jadwiga Kaczyńska, pochodząca z litewskiej szlachty matka Prezydenta, później córka Marta, brat Jarosław Kaczyński - prezes PiS-u i kilkuletnia wnuczka Ewa. Zawstydzoną dziewczynkę Papież przygarnął do siebie w czasie robienia pamiątkowego zdjęcia. Wszyscy otrzymali od Ojca Świętego różańce. Prezydent otrzymał również obraz Matki Bożej - kopię mozaiki z Pałacu Papieskiego. Spotkanie odbywało się w serdecznej atmosferze. Benedykt XVI żartował. Następnie Prezydent ofiarował Dostojnemu Gościowi kopię włóczni św. Maurycego, bursztynowy różaniec i album o Powstaniu Warszawskim.
Kolejnym etapem wizyty była pałacowa kaplica, w której Benedykta XVI powitał ks. Roman Indrzejczyk, kapelan Prezydenta Polski. Papież modlił się tam przez chwilę.
W Sali Rycerskiej Ojcu Świętemu zostali przedstawieni współpracownicy Prezydenta. Lech Kaczyński powiedział, że wielu z nich działało w podziemiu w czasie walki z komunizmem. Benedykt XVI przywitał się również z Premierem, Marszałkami Sejmu i Senatu, a także z członkami rządu. Przeszedł wzdłuż szpaleru licznie zebranych przedstawicieli korpusu dyplomatycznego akredytowanego w Polsce. Dłużej zatrzymał się przy ambasadorach Niemiec i Włoch.
Na czas papieskiej pielgrzymki dziedziniec Pałacu Prezydenta udekorowano bukietami białych i żółtych kwiatów. W centralnej części ułożono trawnik z barwnym kwietnikiem.
Odjeżdżającego z Pałacu Papieża znów żegnała rzesza wiernych, skandujących „Benedetto” oraz śpiewających znane ze spotkań z Janem Pawłem II Sto lat.